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Le toponyme Vaticanum est attesté avec certitude à l’époque impériale, à partir du IIe siècle apr. J.-C., et il comprenait une région correspondant plus ou moins à l’actuel État de la Cité du Vatican. À l’époque romaine, cette région, située en dehors de la ville de Rome, fut bonifiée et occupée par des villas, par les jardins d’Agrippine – mère de l’empereur Caligula (37-41 apr. J.C) – et par de vastes nécropoles bâties le long des artères principales. Dans les jardins de sa mère, Caligula construisit un petit cirque pour les entraînements d’auriges (Gaianum), que Néron (54-68 apr. J.C) modifia par la suite ; la tradition veut que Pierre ait été martyrisé près de ce cirque, lors de la grande persécution des chrétiens lancée par Néron en 64 apr. J.C. Différents ensembles de tombes ont été creusés le long de la Via Trionfale, qui va de la place Saint-Pierre vers Monte Mario, tandis que la nécropole où se trouve aussi la tombe de l’apôtre Pierre était située le long de la Via Cornelia, orientée plus vers l’ouest. La présence de Pierre établit le centre topographique de la région, qui est devenue, depuis lors et pendant deux millénaires, la destination du pèlerinage chrétien le plus significatif : de nombreux fidèles, désireux de rester proches de saint Pierre, essaieront d’avoir leur sépulture non loin de la sienne. La nécropole fut ensevelie lorsque l’empereur Constantin (306-337 apr. J.C) ordonna la construction de la basilique dédiée à l’apôtre, ce qui modifia tout le développement successif de ce quartier. Après avoir libéralisé le culte de la religion chrétienne par le célèbre édit de Milan en 313 apr. J.C, l’empereur Constantin voulut entamer, vers l’année 324, la construction d’une grande église composée de cinq nefs, transept et abside, au centre de laquelle se trouvait la tombe de saint Pierre.
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