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Au fil des ans, de nombreux programmes de formation ont été créés pour favoriser la recherche interdisciplinaire menée en collaboration tout en intégrant la formation, le transfert de connaissances et l'acquisition de compétences professionnelles, notamment en matière de communication, de travail d'équipe, de gestion de projets et de leadership. On cite en exemples les Réseaux de centres d'excellence et les Réseaux stratégiques du CRSNG. Cependant, de tels programmes peuvent aussi être lancés par les établissements ou découler de l'Initiative stratégique pour la formation en recherche dans le domaine de la santé (ISFRS) des Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC). Le Programme FONCER n'a pas pour objet de remplacer le financement de ces initiatives de formation. Il mettra plutôt l'accent sur les initiatives qui placent la barre plus haut en ce qui concerne les pratiques exemplaires de mentorat et de formation des nouveaux chercheurs. Ces initiatives devraient apporter une valeur ajoutée sur le plan qualitatif par rapport aux initiatives de formation en place ou aux résultats obtenus en apportant une aide financière aux stagiaires grâce à des subventions individuelles ou de groupe ou en leur versant directement des bourses.
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