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D'après Jon Trowbridge, responsable actuel de Guppi, ses grands avantages tiennent en quatre points. Tout d'abord, les scripts y ont droit de cité; ensuite, l'API interne est accessible via Guile and Python, ce qui rend possible la solution de problèmes complexes sans devoir programmer en C. Puis, Guppi dispose d'un filtre d'importation de données très souple, qui parvient très souvent à déceler comment lire un fichier sans intervention de l'utilisateur. Troisièmement, une grande partie des fonctionnalités est répartie en plugins, ce qui en rend l'extension très aisée. Enfin, Guppi propose une interface PETALE qui ne devrait poser problème à personne.
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