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Nachdem er sich in Münster habilitiert hatte, hielt er für den nächsten Karriereschritt nach einer Professur Ausschau, was ihn schließlich nach Erlangen führte. Als Professor für angewandte Physik konnte er hier seine lebenswissenschaftlich orientierten Arbeiten fortsetzen und ein eigenes Lehrprogramm aufstellen. Parallel hat er sich hier wieder intensiv mit der Entwicklung von Methoden und Instrumenten befasst. „Wir haben auch selbst Instrumente gebaut, inklusive aller Bestandteile von der Elektronik über die Hardware bis zur Software. Das scheint zunächst vielleicht eine etwas undankbare Aufgabe zu sein, gibt uns jedoch ein tieferes Verständnis der Technologie und hilft uns dadurch bei allen Weiterentwicklungen“, so Schäffer. Auf der Anwendungsseite kooperierte er in Erlangen mit Mikrobiologen und Medizinern. „Wir haben zum Beispiel die Ultrastruktur von Diphterie-Bakterien untersucht, ihre Morphologie aufgelöst, um Unterschiede zwischen den einzelnen Stämmen zu finden. Bei den Bakterien-Pili, die bei der Invasion in die Wirtszelle eine Rolle spielen, haben wir mithilfe der AFM die Steifigkeit und andere mechanische Eigenschaften charakterisiert“, so Schäffer.
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