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Keybot 10 Résultats  www.listeriosis-listeriose.investigation-enquete.gc.ca
  Complete Genome Sequenc...  
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It consists of 178,193 bp and has a G_C content of 44.5%. A total of 277 genes, including 275 open reading frames and two tRNA-encoding genes, were identified. This phage is closely related to coliphages RB16 and RB43 and Klebsiella pneumoniae phage KP15.
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Cronobacter sakazakii est une bactérie pathogène opportuniste qui cause la méningite chez les nourrissons et qui est souvent associée à des préparations pour nourrissons à base de lait. Nous avons séquencé le génome entier d’un myovirus lytique de C. sakazakii nouvellement isolé, vB_CsaM_GAP161, dont le nom abrégé est GAP161. Il est composé de 178 193 pb et a une teneur en G+C de 44,5 %. En tout, 277 gènes, dont 275 cadres de lecture ouverts et 2 gènes codant pour les ARNt ont été mis en évidence. Ce phage est étroitement apparenté aux coliphages RB16 et RB43 ainsi qu’au phage KP15 de Klebsiella pneumoniae.
  Genome Sequence of  
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It consists of 147,940 bp and has a G+C content of 46.3%. A total of 295 genes, including 269 open reading frames and 26 tRNA genes, were identified. This phage is related to Salmonella phage PVP-SE1 and coliphages vB_EcoM-FV3 and rV5.
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Cronobacter sakazakii est une bactérie pathogène qui infecte principalement les personnes immunodéprimées, en particulier les nourrissons chez qui elle cause une méningite. Le génome du myovirus vB_CsaM_GAP31 de C. sakazakii a été séquencé. Il est composé de 147 940 pb et a une teneur en G+C de 46,3 %. En tout, 295 gènes, dont 269 cadres de lecture ouverts et 26 gènes d’ARNt ont été mis en évidence. Ce phage est apparenté au phage PVP-SE1 de Salmonella et aux coliphages vB_EcoM-FV3 et rV5.
  Diptera-Specific PCR-Am...  
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Here, we review the existing Diptera-speciÞc PCR ampliÞcation primers that have been published for 11 mitochondrial and nuclear gene regions: 12S small ribosomal subunit, cytochrome b, cytochrome oxidase c subunit I, 28S ribosomal RNA, alanyl-tRNA synthetase, the carbamoyl phosphate synthase region of CAD, elongation factor-1α, 6-phosphogluconate dehydrogenase, triose phosphate isomerase, white, and wingless.
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Les données sur les séquences de différents gènes nucléaires et mitochondriaux sont essentielles à la recherche phylogénétique en entomologie. Des amorces propres à certains groupes de diptères ont été mises au point pour l’amplification par PCR de nombreuses régions géniques. Nous examinons ici les amorces d’amplification qui ont été publiées pour 11 séquences de gènes mitochondriaux et nucléaires de diptères : petite sous-unité ribosomique 12S, cytochrome b, sous-unité I de la cytochrome oxydase c, ARN ribosomique 28S, alanyl-ARNt synthétase, région carbamoyl-phosphate synthétase du gène CAD, facteur d’élongation1α, 6-phosphogluconate déshydrogénase, triose phosphate isomérase, blanc et aptère. Nous avons également conçu 94 nouvelles amorces de PCR pour ces régions et les avons analysées avec notre base de données de >1600 spécimens représentant 40 familles de diptères. Les tableaux présentent toutes les séquences d’amorces, tant nouvelles qu’anciennes, qui ont été mises au point, et les cartes géniques montrent où elles se placent sur l’ADN. Ces données combinées facilitent la recherche phylogénétique moléculaire chez les diptères.
  Placement of Conopidae ...  
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Nearly 12,800 bp of sequence data from 10 genes representing both mitochondrial (cytochrome oxidase I (COI), cytochrome b (cytB), and 12S) and nuclear genes (28S, the carbamoyl phosphate synthetase region of CAD (CAD), elongation factor-1α (EF-1α), white, alanyl-tRNA synthetase (AATS), triose phosphate isomerase (TPI), and phosphogluconate dehydrogenase (PGD)) are analysed.
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Les auteurs présentent ici les résultats de la première tentative, à ce jour, visant à déterminer la position phylogénétique des Conopidés sur la base de caractères moléculaires et de la plus importante analyse moléculaire des relations au sein des Schizophores (Diptères). Vingt-huit taxons répartis dans 11 familles et 7 superfamilles d’Acalyptères sont représentés. Près de 12 800 bp de séquences provenant de 10 gènes mitochondriaux [cytochrome oxydase I (COI), cytochrome b (cytB) et 12S] et nucléaires [28S, région carbamoyl-hosphate synthétase du gène CAD (CAD), facteur d’élongation 1α (EF-1α), white, alanyl-ARNt synthétase (AATS), triose phosphate isomérase (TPI) et phosphogluconate déshydrogénase (PGD)] sont analysées. L’analyse de parcimonie et l’analyse bayésienne appuient fortement l’hypothèse de monophylie des Conopidés et des Schizophores. Les Conopidés ressortent comme un groupe sœur des autres Schizophores dans l’analyse de parcimonie, mais ils forment un clade Conopidés + Lauxaniidés dans l’analyse bayésienne. Les auteurs évaluent l’utilité des données de séquençage de gènes nucléaires, mitochondriaux et ribosomaux ainsi que de gènes codant des protéines pour élucider les relations phylogénétiques à divers niveaux de divergence.
  Complete genome of the ...  
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The unique sequence of this terminally redundant, circularly permuted genome is 84,576 bp. The ΦEa21-4 genome has a GC content of 43.8%, contains 117 putative protein-coding genes, and 26 tRNA genes. ΦEa21-4 is the first phage in which a precisely conserved rho-independent terminator has been found dispersed throughout the genome, with 24 copies in total.
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La première séquence du génome complet d’un bactériophage de la famille des Myoviridae, ΦEa21 4, infectant Erwinia amylovora, Erwinia pyrifoliae et Pantoea agglomerans a été déterminée. La séquence de ce génome à permutation circulaire et aux extrémités redondantes compte 84 576 pb. Ce génome, dont la teneur en GC est de 43,8 %, comprend 117 gènes qui codent des protéines putatives et 26 gènes d’ARNt. Le phage ΦEa21-4 est le premier chez lequel on a trouvé un codon de terminaison indépendant du facteur rho rigoureusement conservé et dont les 24 copies sont dispersées dans l’ensemble du génome. Il est aussi intéressant de noter la présence d’ARNt avec des boucles d’anticodons à six bases et à neuf bases, l’absence d’une petite sous unité de terminase d’encapsidation, ainsi que la présence du gène nadV, qui code une composante de la voie de récupération du NAD+, et qui n’a été trouvé que chez quelques phages. Le phage ΦEa21 4 est le premier dont le génome soit semblable à celui du phage Felix O1; 56 % des protéines putatives codées par le génome du phage ΦEa21 4 présentent une homologie à celles du phage de Salmonella. Mis à part cette similitude au phage Felix O1, le génome du bactériophage ΦEa21 4 semble essentiellement différent, tant globalement que localement, des séquences de bactériophages déjà publiées. Quarante trois des 117 gènes sont uniques aux phages ΦEa21 4, et 32 des gènes du ΦEa21 4 semblables à ceux du phage Felix O1 ne sont retrouvés dans aucun autre génome de bactériophage. Le séquençage de l’extrémité N terminale et l’analyse par spectrométrie de masse MALDI TOF a permis d’identifier, chez le phage ΦEa21 4, cinq gènes codant des protéines structurales, dont la principale protéine de la capside.
  Phylogeny of the Archib...  
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Morphological data include 53 characters and cover all valid described taxa (33 species in 4 genera) in the subfamily, as well as 83 undescribed species. Molecular data for five genes (mitochondrial 12S rDNA, cytochrome c oxidase subunit I, and cytochrome B, and nuclear alanyl-tRNA synthetase and 28S rDNA) were obtained for 21 ingroup taxa.
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Archiborborinae est une sous-famille néotropicale diversifiée de Sphaeroceridae qui comprend de nombreuses espèces non décrites. La classification générique existante comprend trois genres composés d’espèces brachyptères, alors que toutes les autres espèces sont classées dans le genre Archiborborus. Nous présentons la première hypothèse phylogénétique concernant cette sous-famille qui se fonde sur des ensembles de données morphologiques, moléculaires et combinées. Les données morphologiques comprennent 53 caractères et couvrent l’ensemble des taxons valides décrits (33 espèces dans 4 genres) de cette sous-famille, ainsi que 83 espèces non décrites. Nous avons obtenu des données moléculaires concernant 5 gènes (ADNr 12S mitochondrial, sous-unité I de la cytochrome c oxidase, cytochrome b, alanyl‑ARNt synthétase nucléaire et ADNr 28S) provenant de 21 taxons internes. Les données indiquent que Archiborborinae s’est séparée de Copromyzinae avec qui elle était jadis combinée. Les analyses étayent la séparation de la sous-famille en groupes homogènes, mais les relations entre les groupes sont mal définies. La validité des genres brachyptères Penola Richards et Frutillaria Richards est étayée. L’ancien genre Archiborborus Duda est paraphylétique et sera divisé en genres monophylétiques à la suite des présents travaux. Les caractères aptère et brachyptère ont émergé par évolution à de nombreuses reprises dans la sous-famille. Antrops Enderlein, qui comprenait jadis une seule espèce brachyptère, est un synonyme plus ancien de Archiborborus.
  A phylogenetic analysis...  
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A total of 6824 bp of DNA sequence data from five gene regions (12S ribosomal DNA, cytochrome c oxidase subunit I, cytochrome b, 28S ribosomal DNA and alanyl-tRNA synthetase) are combined with 111 morphological characters in a combined analysis using both parsimony and Bayesian methods.
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Peu d’études phylogénétiques ciblées ont été consacrées aux membres de la famille des Conopidae (Diptera). Nous présentons ici les résultats de l’étude phylogénétique la plus approfondie effectuée en appui à la présente classification des sous-familles de Conopidae fondée sur 66 spécimens appartenant à 59 espèces de Conopidae et à sept groupes externes. Nous avons également exploré les relations parmi les clades de sous-familles. Nous avons utilisé conjointement des données portant sur un total de 6 824 pb de séquences d’ADN de cinq régions de gènes (ADN ribosomique 12S, sous-unité 1 de la cytochrome c oxidase, cytochrome b, ADN ribosomique 28S et alanyl-ARNt synthétase) et 111 caractères morphologiques dans le cadre d’une analyse combinée utilisant des méthodes d’analyse de parcimonie et d’analyse bayésienne. L’analyse de parcimonie produit trois arbres les plus courts. L’arbre issu de l’analyse bayésienne est quasiment identique. Cinq sous-familles monophylétiques de Conopidae sont rétablies. Nous restaurons la sous-famille rarement reconnue des Ziodioninae, qui inclut les genres Zodion et Parazodion, et nous excluons le genre Sicus de la sous-famille des Myopinae. Nous examinons les synapomorphies morphologiques pour chaque clade de sous-familles et inter-sous-familles, et nous passons en revue les interprétations relatives aux caractères formulées antérieurement par divers auteurs. Nous présentons des illustrations comparatives détaillées des genitalia mâles et femelles d’espèces représentatives des cinq sous-familles et interprétons leurs caractéristiques morphologiques.
  Genomic, Proteomic and ...  
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Adsorption rate constant and burst size were estimated to be 9.3x10-9 ml/min and 350 PFU/infected cell, respectively. The genome of AKVF33 was 108,853 bp (38.95% G+C), containing 160 open reading frames (ORFs), 22 tRNA genes and 32 strong promoters recognized by host RNA polymerase.
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Malgré les nombreuses mesures de lutte contre Escherichia coli O157:H7 (STEC O157:H7), la bactérie continue de causer des flambées de maladies d’origine alimentaire en Amérique du Nord et ailleurs dans le monde. Or, l’utilisation thérapeutique de bactériophages pourrait aider à contrer ce pathogène chez l’hôte, dans son environnement et dans ses aliments. Le bactériophage vB_EcoS_AKFV33 (AKFV33), un analogue du phage T5 des Siphoviridae, lyse les bactéries STEC O157:H7 et E. coli non O157 aux lysotypes courants. De plus, les STEC O157:H7 isolées du même enclos de parc d’engraissement que le phage AKFV33 étaient très sensibles à celui-ci. Nous avons estimé la constante d’adsorption du phage à 9,3 x 10-9 ml/min et le nombre de phages libérés à la lyse à 350 UFP/cellule infectée. Le génome d’AKVF33 compte 10 8853 pb (38,95 % G+C), avec 160 cadres de lecture ouverts (ORF), 22 gènes d’ARNt et 32 promoteurs forts reconnus par l’ARN polymérase de l’hôte. Sur 12 ORF sans homologie à l’égard des phages analogues au T5, 7 prédisaient des protéines nouvelles alors que d’autres présentaient une faible homologie (<60 %) par rapport aux protéines de la base de données du National Centre for Biotechnology Information. Le phage AKVF33 n’avait pas la protéine des fibres caudales en forme de L typiques du pageT5, mais d’après les données, il aurait des fibres caudales constituées de deux protéines nouvelles présentant une certaine homologie (37–41 %) avec celles des fibres caudales du coliphage phiEco32 des Podoviridae. Dans les fibres caudales latérales, le phage aurait une protéine putative d’un prophage d’E. coli IAI39 ainsi qu’une protéine d’E. coli MS196‑1 au domaine conservé. La protéine caudale du récepteur de liaison (pb5) avait une homologie globale de 29–72‑% par rapport aux autres phages analogues au phage T5, mais aucune région de la protéine n’avait plus de six acides aminés en commun avec les autres phages analogues. L’analyse protéomique a mis en évidence quatre protéines structurales correspondant à la capside, à la queue, aux fibres caudales et à l’extrémité de la queue formant des pores (pb2). Nous n’avons pas trouvé, dans le génome du phage AKFV33, de régions codant des facteurs de virulence connus, des protéines associées à l’intégration ou des déterminants de la résistance à des antibiotiques. Le bactériophage AKFV33 est un analogue du phage T5, unique en son genre, spécifique des STEC O157:H7, fortement lytique, qui pourrait servir d’agent de lutte bi
  Fecal source tracking i...  
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A mitochondrial-based microarray (mitoArray) was developed for rapid identification of the presence of 28 animals and one family (cervidae) potentially implicated in fecal pollution in mixed activity watersheds. Oligonucleotide probes for genus or subfamily-level identification were targeted within the 12S rRNA - Val tRNA - 16S rRNA region in the mitochondrial genome.
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Nous avons mis au point une biopuce mitochondriale permettant l’identification rapide de 28 taxons et d’une famille (la famille des Cervidae) d’animaux susceptibles de contribuer à la pollution d’origine fécale des bassins versants à activités mixtes. Pour l’identification du genre ou de la sous-famille, nous avons utilisé des sondes oligonucléotidiques ciblant la région des ARNr 12S et 16S et ARNt Val du génome mitochondrial. Cette région, appelée MI-50, a été choisie en fonction de 3 critères : 1) aptitude à être amplifiée par des amorces universelles, 2) présence de la séquence de ces amorces universelles chez la plupart des animaux domestiques et des animaux des exploitations commerciales d’intérêt pour l’identification de sources de pollution d’origine fécale et 3) variation de séquence suffisante dans la région pour permettre un degré minimum de différenciation avec une sonde à biopuce. Pour déterminer la teneur totale en ADN mitochondrial dans nos échantillons, nous avons aussi mis au point une paire d’amorces universelles pour PCR quantitative (Q-PCR). Nous avons validé cette sonde avec de l’ADN provenant de tissus d’origine animale et, dans bien des cas, d’échantillons de matières fécales spécifiques à l’animal. Pour limiter l’amplification de séquences d’ADN mitochondrial de poisson pouvant nuire à notre analyse durant l’étape d’enrichissement à la MI-50, nous avons conçu une méthode de PCR avec sonde bloquante (clamp PCR) en utilisant un acide nucléique peptidique spécifique des poissons. Nous avons analysé l’ADN extrait de 19 échantillons d’eau sur biopuce et par PCR. Nos résultats confirment que l’approche avec la biopuce mitochondriale permet de détecter avec exactitude les animaux prédominants dans les eaux échantillonnées, ce qui fait ressortir le potentiel de cette méthode pour la recherche en parallèle d’une grande variété d’animaux parmi ceux qui présentent normalement de l’intérêt pour l’identification des sources de pollution d’origine fécale.
  Intercistronic heteroge...  
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Sequence analysis of the amplified fragments revealed an ITS1 fragment of about 517 bp, that contained genes for tRNAIle and tRNAAla in all the bacterial strains; an additional smaller ITS1 of 279 bp without tRNA features was detected in 15 of 29 strains.
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Nous avons étudié l’hétérogénéité intercistronique des espaceurs transcrits internes (ITS1) de l’ARNr 16S et 23S chez 29 souches de pseudomonades fluorescentes isolées de graines sous-terraines d’amphicarpe bractéolée (Amphicarpa bracteata). L’amplification par PCR de la région de l’ITS1 des souches a généré un ou deux produits. L’analyse de la séquence des fragments amplifiés a révélé, chez toutes les souches, un fragment d’ITS1 d’environ 517 pb, contenant des gènes liés à l’ARNtIle et à l’ARNtAla. Un ITS1 supplémentaire, plus petit, de 279 pb, sans caractéristiques d’ARNt a aussi été découvert chez 15 des 29 souches. La différence de longueur de cet ITS semble résulter de la délétion de plusieurs blocs de nucléotides entre les positions 70 et 359 pb. Le terminateur des délétions chez le variant ITS1 correspond au codon initiateur de la boîte A du facteur d’antiterminaison, lequel est homologue à la boîte A d’autres bactéries. Les analyses phylogéniques faites à l’aide de l’algorithme NJ ont révélé deux grappes phylogéniques majeures, une pour chacun des types d’ITS1. L’utilisation d’une seule paire d’amorces spécifiques et du colorant intercalaire SYBR green I dans la PCR en temps réel et l’analyse des courbes de fusion de l’ADN a permis de produire des courbes très informatives avec un ou deux pics de fusion reconnaissables permettant de distinguer facilement les deux types d’ITS1 dans des cultures pures. Nous avons utilisé l’épreuve pour confirmer la présence du variant d’ITS1 dans l’ADN total de la population de Pseudomonas colonisant l’enveloppe des graines d’amphicarpe bractéolée et le sol au niveau des racines de la plante. L’hétérogénéité interspécifique de la région ITS1 pourrait se révéler intéressante dans l’étude de la systématique moléculaire et de la génétique des populations du genre Pseudomonas, mais la présence d’opérons d’ARNr non identiques dans un même génome pourrait compliquer ces études.