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En el otoño de 1994 decidió abandonar su partido y la política en general. Algo más tarde fue presa de una penosa enfermedad que le impidió comunicarse y mantener cualquier tipo de vida pública. Durante casi una década se hizo un silencio sobre su persona, roto, a comienzos del siglo XXI cuando el Gobierno Vasco le entregó, el 14 de mayo de 2003, el premio de Justicia Manuel de Irujo. El 10 de diciembre de 2004, los líderes de la mayoría de los partidos le rindieron en San Sebastián un homenaje - la medalla del Centenario de la Ciudad otorgada por el ayuntamiento- como inexcusable "referente político" de la nueva democracia y "un referente cívico en la lucha por las libertades", premio que recogieron Pepa Bengoetxea, su esposa, y sus hijos, Jon y Olivia. El delegado del Frente Polisario en Europa, Mohamed Sidati, recordó que fue "el primer diputado que viajó a los campamentos de refugiados del Sáhara". El hijo del abogado mostró un agradecimiento especial para Jaime Mayor, de quien dijo que "fue quien garantizó la seguridad de mi padre cuando fue amenazado por ETA".
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