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Hanson treats the plague, the identification of which he reviews as an unsolved 2500-year-old mystery, as a happenstance of the war albeit one with far-reaching consequences for Athenian fortunes later on. Ironically, within months of the release of his book, DNA testing on the teeth of exhumed victims of the plague has permitted its identification as typhoid fever, a disease transmitted through feces.
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Le chapitre sur la maladie est le seul à ne pas aborder la question des modalités de la guerre. Le fléau qui a anéanti au début de la campagne presque 30 pour 100 de la population athénienne (y compris Périclès, son dirigeant le plus compétent) a eu une profonde influence sur la manière dont cette démocratie s'est conduite au cours des deux décennies suivantes. La maladie a frappé après que les Spartiates, fidèles à leur tactique initiale, ont tenté, vainement en apparence, de ravager les terres et les exploitations agricoles d'Attique, l'arrière-pays athénien. En effet, il était plus difficile qu'il n'y paraissait de piller complètement une partie importante des ressources agricoles d'Athènes; de plus, les longs murs qui reliaient la cité au port du Pirée garantissaient aux Athéniens, forts de leur supériorité maritime (navale et commerciale), un accès à un approvisionnement extérieur en céréales. La stratégie athénienne, devant l'invincible armée d'hoplites spartiates, a simplement été de retrancher tous les citoyens des régions périphériques derrière ses murs indestructibles jusqu'à ce que l'armée spartiate rentre chez elle pour la saison. Cependant, l'afflux de personnes a été à l'origine d'un fléau qui a tué une importante partie de la population et amputé les ressources humaines athéniennes pour les campagnes ultérieures. Fait probablement plus important encore, ce fléau a anéanti l'ordre social et les mours de la population. Victor Hanson traite cette maladie désastreuse, dont le nom est, selon lui, un mystère vieux de 2 500 ans, comme un événement fortuit de la guerre, bien que lourd de conséquences pour le destin des Athéniens. Ironie du sort, quelques mois après la publication de son livre, des dents recueillies après l'exhumation des victimes de ce fléau ont été soumises à des tests d'ADN; ceux-ci ont révélé que la maladie qui a fait rage durant la guerre du Péloponnèse était la fièvre typhoïde, une maladie transmise par les fèces. Manifestement, le réseau sanitaire athénien était incapable d'accommoder l'afflux de réfugiés tentant d'échapper aux opérations de pillage spartiates dans la campagne environnante. Par conséquent, l'auteur présente l'invasion initiale de Sparte comme une opération largement inefficace; cette façon de voir, bien qu'elle soit correcte du point de vue des effets recherchés, doit néanmoins être considérée à la lumière des répercussions non voulues qui en ont découlé; cette invasion présente en réalité un ancêtre des arme
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