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El Dr. Nicolás Toro García asumió la dirección de la EEZ entre 2007 y 2013, siendo responsable del desarrollo del Plan Estratégico 2010-2013 y la propuesta del actual Plan Estratégico 2014-2017. En el primero, la EEZ se estructura en base a tres departamentos: Bioquímica, Biología Molecular y Celular de Plantas; Microbiología del Suelo y Sistemas Simbióticos; y Protección Ambiental, mientras que el Departamento de Nutrición Animal sigue su desarrollo como Instituto en Formación, pero integrado en la estructura de la EEZ. Se crean nuevos servicios científicos (Instrumentación, Microscopía, Secuenciación, y Cámaras e Invernaderos) y se pone en marcha la Oficina de Transferencia de Tecnología y la Unidad de Cultura Científica y de la Innovación. A finales de 2010 se inauguraron dos nuevos edificios: uno que alberga al departamento de Microbiología del Suelo y Sistemas Simbióticos y una cafetería-comedor. Además, en este período se lleva a cabo la ampliación del edificio ocupado por el Instituto en Formación de Nutrición Animal, y el traslado a Armilla del departamento de Geoquímica Ambiental, para formar ya parte de la estructura propia del nuevo Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra, un centro mixto CSIC-Universidad de Granada.
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