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Avant de pouvoir procéder au transfert lui-même, l'ADN qui a été coupé avec des enzymes de restriction est séparé par l'électrophorèse sur gel (voir précédemment). Pour l'étape du transfert, le gel est placé sur une éponge qui se trouve dans une solution tampon. Le papier de nitrate de cellulose où l'ADN sera transféré est placé au-dessus du gel puis recouvert de papier essuie-tout et d'un poids. Le transfert de l'ADN du gel au papier se fait par capillarité, alors que la solution tampon imbibe les essuie-tout secs. Après plusieurs heures, le transfert est complété et les fragments d'ADN présents sur le papier sont dans la même position qu'ils étaient dans le gel. Le papier peut ensuite être incubé avec une sonde propre au fragment d'ADN étudié. La sonde est étiquetée de façon radioactive et, une fois l'incubation terminée, l'ADN peut être identifiée par audiographie. Il faut utiliser des contrôles afin de s'assurer que l'électrophorèse et le transfert ont réussi. La comparaison des modèles de bande par audiographie permet d'établir la présence ou l'absence de l'ADN étudié.
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