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Au cœur du système espagnol des sciences et de la technologie, l'IEO est un organisme qui se consacre exclusivement à la recherche marine. À l'instar des organismes dont les activités relèvent du domaine de l'État, les installations de l'IEO jouissent d'une large couverture géographique avec un quartier général à Madrid, huit centres océanographiques côtiers, une station de biologie de la pêche, cinq installations pilotes d'aquiculture, douze stations marégraphiques et une flotte de six navires océanographiques à tonnage varié.
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