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Das RTOF besteht aus vier Hauptkomponenten: die Ionenquellen, die Ionenoptik, das Reflektron und die Detektoren. Zwei verschiedene Kanäle werden in diesem Spektrometer gebraucht: einer, der das Gas ionisiert und dann in der Ionenquelle speichert, der andere, der die jeweils gerade vorbeifliegenden Ionen senkrecht zu ihrer Flugrichtung ins Instrument hinein beschleunigt. Die beiden Quellen sind mechanisch sehr ähnlich, wobei eine für den Gasmodus optimiert ist (Speicherquelle) und der andere für die kometären Ionen (Ortho Quelle). Die Ionen durchqueren die Ionenoptik und kommen in den Driftabschnitt, wo sie an einem elektrischen Feld in den Ionenreflektoren reflektiert werden (Reflektron und Hard Mirror) und wo sie dann auf zwei separaten Detektoren auftreffen. So hat es zwei unabhängige Massenspektrometer in einer einzigen Struktur.
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