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9. Au plan interne, le coup d’État a engendré une profonde fracture politique entre les Partis signataires du Pacte de Transition et ceux qui ont refusé d’y participer, en particulier le PAIGC. La médiation entreprise par la CEDEAO, dans le prolongement des conclusions de son Sommet extraordinaire tenu à Dakar, le 3 mai 2012, a permis un réaménagement du Bureau de l’ANP. Ainsi, M. Manuel Serifo Nhamadjo, qui en était le Président par intérim, est passé Président de la Transition, le 10 mai 2012. M. Braima Sori Djalo, qui était 2ème Vice-Président de l’ANP, en assure désormais la présidence. Avant cette décision, le Forum des Partis politiques et les militaires avaient avancé l’idée de former un Conseil national de Transition, comme en 2003. Le 22 mai 2012, à la suite de consultations entre les signataires du Pacte de Transition et à l’issue de la visite, à Bissau, d’une délégation ministérielle de la CEDEAO, un Gouvernement de Transition dirigé par M. Rui Duarte Barros a été mis en place, regroupant les Partis signataires du Pacte de Transition, à l’exception de certains partis politiques, dont le PAIGC, même si certains de ses responsables ont intégré à, titre individuel, les institutions établies dans ce cadre. Il fut convenu que la Transition n’excéderait pas douze mois et qu’elle se conclurait par l’organisation d’élections présidentielles et législatives crédibles. Dans le même temps, la CEDEAO a déployé une Mission d’appui à la Transition (ECOMIB), qui a pris le relais de la MISSANG, dont le retrait a été achevé le 9 juin 2012.
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