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Des projets de recherche sont requis pour justifier scientifiquement une plus grande utilisation des systèmes agroforestiers avec cultures intercalaires (ACI) dans les paysages ruraux du Canada. Nous avons voulu vérifier l’hypothèse selon laquelle ces systèmes augmentent la diversité bêta et la stabilité des communautés microbiennes du sol par rapport aux systèmes de monoculture classique (MC). Nous avons effectué un prélèvement intensif d’échantillons de sol dans des parcelles ACI expérimentales de Saint-Rémi (Québec) et de Guelph (Ontario), selon une grille de 56 points, et nous avons comparé ces échantillons à des échantillons prélevés de manière semblable dans des parcelles MC situées à proximité. Nous avons extrait les acides gras phospholipidiques (AGP) de chaque échantillon, et nous les avons purifiés, méthylés, puis analysés par chromatographie en phase gazeuse. Nous avons ensuite analysé l’hétérogénéité spatiale du profil AGP global de chaque champ, par deux méthodes d’analyse multivariée (PCA et PERMDISP), et l’hétérogénéité spatiale de chaque AGP, au moyen des tests de Levene et de Moses. Mesurée en termes de dispersion parmi les profils AGP de chaque grille d’échantillonnage, la diversité bêta des communautés microbiennes était significativement plus élevée en système ACI qu’en système MC uniquement à Saint-Rémi. Des analyses multivariées par régression multiple n’ont pas permis d’établir une relation significative entre les paramètres physico-chimiques du sol et les changements de profil AGP. Au moyen du test de Tukey, nous avons comparé les concentrations des grands groupes de micro-organismes dans les deux systèmes culturaux, et nous avons constaté que la fréquence des champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) était plus élevée en système ACI que MC, dans les deux localités, et que le rapport bactéries gram positives / bactéries gram négatives était également plus élevé, mais à Saint-Rémi seulement. Pour mesurer la stabilité des communautés microbiennes, nous avons suivi les changements de biomasse microbienne survenant dans un échantillon global provenant de chaque grille d’échantillonnage, lorsque cet échantillon était exposé à diverses concentrations d’un métal lourd (Cu). En adaptant les données à des fonctions exponentielles décroissantes en utilisant des paramètres de modélisation, nous avons obtenu un indice de stabilité des communautés microbiennes, qui s’est avéré plus élevé en système ACI que MC uniquement à Saint-Rémi. Comme le
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