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Les bouleversements survenus dans les sciences biologiques au cours du dernier quart de siècle ont permis de nombreuses percées importantes dans les recherches sur les oomycètes. Il y a plus de cinquante ans, on se doutait déjà que les oomycètes pouvaient être apparentés à certaines algues, mais il est maintenant démontré que les oomycètes ont suivi un parcours évolutif entièrement indépendant de l’embranchement des Eumycota, et on les place aujourd’hui dans un nouvel embranchement, celui des Straminipila. Cette clarification définitive de la position des oomycètes a ouvert de nombreuses possibilités, mais l’expansion rapide de la communauté scientifique a causé une certaine fragmentation, probablement bien plus grande que dans le cas des autres champignons, car aucun forum ne rassemble tous les chercheurs travaillant à des sujets tels que la taxonomie ou la phylogénie des oomycètes. Avant l’arrivée de la phylogénétique moléculaire, les mycologues étudiant les champignons zoosporiques se fondaient sur la structure des zoospores, et notamment sur celle de leur appareil flagellaire, pour élaborer des phylogénies et distinguer des clades, dont la plupart sont demeurés valides malgré les progrès de la biologie moléculaire. Des phylogénies moléculaires complètes ont été publiées pour certains genres d’oomycètes, ce qui a aidé à reconnaître un grand nombre de nouvelles espèces et à mettre au point une vaste gamme d’outils diagnostiques fondés sur l’ADN. Le nombre de génomes connus augmente rapidement, ce qui favorise la découverte de nouveaux mécanismes d’interaction hôte-parasite chez les oomycètes. D’importantes maladies des plantes que l’on croyait maîtrisées sont réapparues, et de nombreuses nouvelles maladies sont apparues, particulièrement chez les arbres, et même chez les mammifères. La communauté scientifique a réussi à réagir rapidement et efficacement à ces nouvelles maladies. Par ailleurs, on a confié de nouveaux rôles écologiques aux oomycètes, contre les maladies des plantes et contre les plantes envahissant les écosystèmes naturels. De nombreux défis attendent encore la communauté de la recherche sur les oomycètes, mais l’objectif le plus urgent est sans doute l’établissement de solides assises phylogénétiques, notamment dans le cadre du projet Assembling the Fungal Tree of Life. Heureusement, il s’agit d’une communauté dynamique, qui a su tirer parti des nombreuses percées technologiques.
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