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En 1884 fue comisionado por el ayuntamiento de Barcelona para estudiar la epidemia de cólera en Marsella y Toulon. Tomando como base el descubrimiento del Bacillus virgula del cólera, hecho per Koch en 1883, y los métodos de vacunación de Pasteur, consiguió con la colaboración de Innocent Paulí, una vacuna contra el cólera en un momento en que se extendía la última gran epidemia (1885). El doctor Amalio Gimeno, entonces en la facultad de medicina de Valencia, persuadido por la importancia del descubrimiento, invitó a Ferran a visitar el País Valenciano, donde se comenzó a aplicar la vacuna. Esto despertó, sin embargo, la oposición encarnizada de una parte de la clase médica, que influyó sobre el ministro de la governación, Romero Robledo, hasta conseguir la prohibición de la campaña de vacunaciones, el valor de las cuales también fue puesto en duda por una comissión francesa que visitó Valencia y por Santiago Ramón y Cajal. La utilidad de la vacuna, sin embargo, fue reconocida al fín, y la Académie des Sciences de París le concedió el premio Bréant (1907). En 1886 fue nombrado director del Laboratori Microbiològic Municipal de Barcelona, donde creó una vacuna antirábica que seguía el llamado método supraintensivo de vacunación, consistente en la inoculación de una gran cantidad de virus activo para provocar una reacción defensiva intensa en el organismo. En 1899 fue a Oporto (Portugal) a estudiar un brote de peste bubónica. Fue destituido del Laboratori de Microbiologia Municipal en 1905; pero el reconocimiento internacional de algunos de sus méritos -especialmente la profilaxis del cólera entre les tropas combatientes, en la Primera Guerra Mundial-, lo animó a investigar, y en 1919 consiguió la vacuna antialfa contra la tuberculosis.
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