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A prágai állatkert legfigyelemreméltóbb fajai közé tartoznak: óriásteknősök, kínai alligátorok, óriás iguánák, kazuárok, vörös pandák, barna hiénák, gepárdok, amuri leopárdok, szibériai tigrisek, szumátrai tigrisek, földimalacok, fehér orrszarvúk, Przsevalszkij-lovak, kiangok, bongó antilopok és addaxok, sötét gorálok, madagaszkári varik, orángutánok és nyugati gorillák.
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Tra le specie più importanti, nello Zoo di Praga si trovano tartarughe giganti, alligatori cinesi, iguane giganti, casuari, panda rossi, parahyaene brunnee, ghepardi, leopardi dell’Amur, tigri siberiane, tigri di Sumatra, oritteropi, rinoceronti bianchi, pony della Mongolia, emioni tibetani, antilopi bongo, addax, goral, varecie, oranghi e gorilla occidentali. Lo zoo è stato concepito con l’idea che gli animali non devono essere tenuti dentro alle gabbie, e si basa quindi sulla creazione di un ambiente naturale per ognuno di essi. Gli animali sono tenuti separati dai visitatori per mezzo di vetrate, fossati o recinzioni.
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