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Große Teile des natürlichen Lebensraums des Andros-Leguans wurden bereits vor Jahrzehnten durch das großmaßstäbliche Fällen der karibischen Kiefern zerstört, und der Lebensraum geht mit dem Anstieg der menschlichen Bevölkerung auf den Inseln weiter zurück. Andros-Leguane sind Beutetiere für verwilderte Hunde und Katzen sowie Wildschweine. Im Gegensatz zu anderen Leguanpopulationen der Insel geht die Hauptgefahr für den Andros-Leguan von der illegalen Jagd aus; viele der größten Tiere im fruchtbaren Alter werden getötet und gegessen. Mit dem Rückgang und der weiteren Zersplitterung der Population des Andros-Leguans werden die Zuchtmöglichkeiten geringer und die genetische Diversität nimmt ab. Die Region ist auch für das periodische Auftreten katastrophaler Tropenstürme bekannt, die sich vernichtend auf die Leguanpopulation auswirken können.
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