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Bei de novo-Sequenzierungen von größeren Genomen, also größer als bei Bakterien, sollte man die GS FLX-Technologie verwenden, um anschließend eine verlässliche bioinformatische Auswertung durchführen zu können. Die Illumina-Technologie hingegen wird bei Re-Sequenzierungen eingesetzt, wenn schon eine Sequenz vorliegt, mit dem man die neu eingelesenen Daten, die Mutationen enthalten können, abgleichen kann. Ganz vereinfacht ist es also eine Frage, ob man etwas ganz neu sequenziert oder mit etwas Bestehendem vergleicht.
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