gs – -Translation – Keybot Dictionary

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Keybot 4 Results  www.bio-pro.de
  Biotechnology / Life Sc...  
Can you explain how you decide whether a large project requires the use of a Roche GS FLX, a Genome Analyzer II or an Illumina HiSeq2000?
Können Sie ein Beispiel geben, wovon es im Rahmen von Großprojekten abhängt, ob ein Roche GS FLX oder aber ein Genome Analyzer II oder Illumina HiSeq2000 zum Einsatz kommen?
  Biotechnology / Life Sc...  
The challenge of sequencing has been the broad usage of different DNA preparation methods and sequencing technologies. The raw data have been assembled de novo without comparison to a similar reference genome. GATC Biotech provided data using the Next Gen Sequencing technologies Roche GS FLX and Illumina HiSeq 2000.
„Es war uns eine große Ehre, gemeinsam mit Richard O’Connell und dem Team des Max-Planck-Instituts die Daten des Colletotrichum higginsianum Genoms zu produzieren und assemblieren. Wir haben weitgehend mit Next Gen Sequenziertechnologien gearbeitet, deren Entwicklung sich zu diesem Zeitpunkt noch im Frühstadium befand, und nur zu einem Bruchteil Sanger Technologie eingesetzt. Dies machte das Projekt zu einer herausfordernden und lohnenswerten Aufgabe“, so Dr. Christopher Bauser, Senior Scientific Project Specialist der GATC Biotech.
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For the de novo sequencing of larger genomes, i.e. genomes that are larger than those of bacteria, the GS FLX technology is the method of choice because it enables a reliable bioinformatic analysis of the data obtained.
Bei de novo-Sequenzierungen von größeren Genomen, also größer als bei Bakterien, sollte man die GS FLX-Technologie verwenden, um anschließend eine verlässliche bioinformatische Auswertung durchführen zu können. Die Illumina-Technologie hingegen wird bei Re-Sequenzierungen eingesetzt, wenn schon eine Sequenz vorliegt, mit dem man die neu eingelesenen Daten, die Mutationen enthalten können, abgleichen kann. Ganz vereinfacht ist es also eine Frage, ob man etwas ganz neu sequenziert oder mit etwas Bestehendem vergleicht.