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Blackwell, Barbara, Ph....

Show text Show cached source Open source URL	Sumarah, M.W., Puniani, E., Sørensen, D., Blackwell, B.A., and Miller, J.D. (2009). "Characterization of metabolites from red spruce endophytes by LC-MS-SPE/NMR.", Gordon Research Conference on Mycotoxins and Phycotoxins, Colby-Sawyer College, New London, NH, USA, June 21-26, 2009.
Compare text pages Compare HTM pages Open source URL Open target URL Define agr.ca as primary domain	Sumarah, M.W., Puniani, E., Sørensen, D., Blackwell, B.A., et Miller, J.D. (2009). « Characterization of metabolites from red spruce endophytes by LC-MS-SPE/NMR. », Gordon Research Conference on Mycotoxins and Phycotoxins, Colby-Sawyer College, New London, NH, USA, June 21-26, 2009. (Affiche)

Simultaneous isolation ...

The results showed that our method was superior to the other methods, based on 2-DE patterns. We also demonstrated that our protocol is compatible with proteomic analysis, as 10 out of 14 selected proteins isolated by the method were identified by MALDI-TOF-MS/MS.

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Nous décrivons, ici, une méthode d’extraction simultanée des protéines et des acides nucléiques des tissus de Medicago truncatula. Nous avons modifié la méthode au trizol et mis au point une méthode simple et efficace pour extraire simultanément les protéines et les acides nucléiques d’un même échantillon. Nous avons confirmé que notre méthode ne nuit ni à la qualité ni à la quantité de l’ADN et de l’ARN isolés. Nous avons aussi utilisé l’électrophorèse bidimensionnelle (2-DE) pour comparer les protéines extraites des feuilles, de la tige et des racines de M. truncatula avec cette nouvelle méthode aux protéines obtenues avec deux autres méthodes courantes : extraction au phénol, suivie de la précipitation au méthanol et à l’acétate d’ammonium ainsi que précipitation à l’acide trichloracétique et à l’acétone. Les profils d’électrophorèse bidimensionnelle montrent que notre méthode est supérieure aux deux autres. De plus, notre protocole permet l’analyse protéomique, puisque 10 des 14 protéines isolées par notre méthode ont pu être identifiées par MALDI-TOF-MS/MS. Le protocole que nous décrivons peut être jumelé aux protocoles de préparation d’échantillons en vue d’études de protéomique, de transcriptomique et de génomique.

Structure characterizat...

Methylation and GC-MS analysis indicated that 60P was mainly composed of three types of sugar residues: 4-Xylp (27.8%), 2,4-Xylp (26.0%) and T-GlcpA (22.5%); small amount of 4-GalpA, 4-Glcp, T-Araf, T-Arap and 4, 6-GalpA were also detected with comparable molar ratio.

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La structure d’un hétéropolysaccharide (60P) de masse moléculaire élevée, isolé de Artemisia sphaerocephala Krasch, a été déterminée par analyse de méthylation et par spectroscopie de RMN du 2D. 60P (MM de 551 kDa) a été isolé de graines de A. sphaerocephala Krasch par extraction à l’eau chaude et précipitation au sulfate d’ammonium. La méthylation et l’analyse par CG/SM ont montré que 60P était principalement composé de trois types de résidus de sucres : 4-Xylp (27,8 %), 2,4-Xylp (26,0 %) et T-GlcpA (22,5 %). De petites quantités de 4-GalpA, 4-Glcp, T-Araf, T-Arap et 4, 6-GalpA ont aussi été détectées dans des rapports molaires comparables. En se basant sur les résultats sur la composition en monosaccharide, de l’analyse de méthylation et de spectroscopie de RMN, on propose la structure représentée ci-après : [image non incluse].

The antihistamine diphe...

The time to dissipate 50% (DT50) of 14C-diphenhydramine residues at 30 °C ranged from 88 ± 28 days in the clay loam to 335 ± 145 days in the loam soil. Mineralization of 14C was insignificant, and diphenhydramine-N-oxide was the only detected extractable transformation product elucidated by radioisotope and HPLC-MS methods.

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Le composé antihistaminique diphénhydramine, largement utilisé, est présent dans des biosolides municipaux et est détecté dans des eaux de ruissellement provenant de terres agricoles fertilisées au moyen de ces biosolides. Pour la présente étude, nous avons déterminé la cinétique et les principales voies d’élimination de la diphénhydramine dans un sol constitué de loam, de loam sableux ou de loam argileux au moyen d’incubations en laboratoire. Le temps mis pour dissiper 50 % (TD50) des résidus de 14C-diphénhydramine à 30 °C allait de 88 ± 28 jours pour le loam argileux à 335 ± 145 jours pour le loam. La minéralisation de 14C était insignifiante, et le N oxyde de diphénhydramine était le seul produit de transformation extractible détecté, déterminé au moyen de méthodes radioisotopiques et de CLHP/SM. Il n’y avait aucun effet significatif des biosolides municipaux sur la cinétique et les voies d’élimination. Globalement, la diphénhydramine est assez persistante dans les sols, et la formation de résidus liés au sol et non extractibles est le principal mécanisme d’élimination de la diphénhydramine.

Phosphoproteome profile...

Using a combination of strong cation exchange (SCX) and immobilized metal affinity chromatography (IMAC) followed by LC-MS, we identified 2902 putative phosphopeptides with homologous matches to 1496 different proteins.

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Nous présentons ici les résultats d’une analyse protéomique à haut débit des phosphopeptides du Fusarium graminearum, souche DAOM 233423, cultivé in vitro dans un milieu sans limitation nutritionnelle. En utilisant une combinaison de chromatographie d’échange de cations forts et de chromatographie d’affinité sur ions métalliques immobilisés suivie de CPL-SM, nous avons identifié 2902 phosphopeptides putatifs présentant une homologie avec 1496 protéines. L’annotation fonctionnelle de la série de protéines a révélé que les phosphopeptides issus de protéines nucléaires jouant un rôle dans la liaison à l’ATP étaient les plus abondants. Il semblerait que les sites de phosphorylation des phosphoprotéines bien caractérisées représentant différentes fonctions biologiques soient conservés chez le F. graminearum : la séquence des trois phosphopeptides issus de phosphoprotéines connues (facteur d’élongation 1β, protéines ribosomiques acides et glycogène synthase) a révélé la conservation du site de phosphorylation.

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Identification of Pheny...

The present work describes a liquid chromatography-electrospray ionization mass spectrometry (LC-ESI-MS) method for rapid identification of phenylethanoid glycosides in plant extract from Plantago asiatica L. By using a binary mobile phase system consisting of 0.2% acetic acid and acetonitrile under gradient conditions, a good separation was achieved on a reversed-phase C18 column.

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Le présent article décrit une méthode de chromatographie en phase liquide et de spectrométrie de masse avec ionisation par électronébulisation (CPL ESI SM) qui permet l’identification rapide des glycosides de phényléthanoïdes dans les extraits végétaux de Plantago asiatica L. au moyen d’un système contenant une phase mobile binaire comprenant un gradiant d’acétonitrile et d’acide acétique à 0,2 %. Nous avons obtenu une bonne séparation sur une colonne C18 à phase inversée. Les ions [M-H]-, les masses moléculaires et les ions fragments des glycosides de phényléthanoïdes ont été obtenus sous forme d’ions négatifs à l’aide de la CPL ESI SM. L’identification des glycosides de phényléthanoïdes (pics 1 3) dans l’extrait de P. asiatica L. a été fondée sur la correspondance des temps de rétention, la détection des ions moléculaires et les ions fragments obtenus dans les expériences de dissociation induite par collision par rapport à ceux des étalons et des données trouvées dans la littérature.

Separation and quantifi...

The result showed that activated carbon adsorption could remove the most salt impurities, and gel column chromatography could give the separation of the two kinds of oligosaccharides. ESI-MS, 13C-NMR revealed that the molecular weight (Mw) of two oligosaccharides were 630 and 936, which were identified as neoagarotetraose and neoagarohexaose respectively.

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Dans la présente étude, l’hydrolyse enzymatique a permis d’obtenir des oligosaccharides de l’agar. Nous avons extrait ces oligosaccharides au moyen d’une séparation par adsorption sur charbon activé, puis les avons purifiés davantage par chromatographie sur gel. Nos résultats indiquent que l’adsorption sur charbon activé peut éliminer la majorité des impuretés salines et que la chromatographie sur colonne de gel permet de séparer les deux types d’oligosaccharides obtenus. L’ESI-MS et la RMN du 13C révèlent que les masses moléculaires des deux oligosaccharides sont de 630 et de 936. Ces oligosaccharides ont été identifiés comme étant respectivement du néoagarotétraose et du néoagarohexaose.

Cao, Rong, Ph.D. - Agri...

Show text Show cached source Open source URL	"Screening and Structural Characterization of α-Glucosidase Inhibitors from Hawthorn Leaf Flavonoids Extract by Ultrafiltration LC-DAD-MSn and SORI-CID FTICR MS.", Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 20(8), pp. 1496-1503.
Compare text pages Compare HTM pages Open source URL Open target URL Define agr.ca as primary domain	Li, H., Song, F., Xing, J., Tsao, R., Liu, Z.-Q., et Liu, S.-Y. (2009). « Screening and Structural Characterization of α-Glucosidase Inhibitors from Hawthorn Leaf Flavonoids Extract by Ultrafiltration LC-DAD-MSn and SORI-CID FTICR MS. », Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 20(8), p. 1496-1503. doi : 10.1016/j.jasms.2009.04.003

Rampitsch, Christof, Ph...

Show text Show cached source Open source URL	"Identifying targets of NADPH oxidase‐mediated redox signalling in Fusarium graminearum using an LC‐MS approach.", 7th Canadian Workshop on Fusarium Head Blight (CWFHB) / Colloque canadien sur la fusariose, Delta Winnipeg Hotel, Winnipeg, MB, Canada, November 27-30, 2011, pp. 97.
Compare text pages Compare HTM pages Open source URL Open target URL Define agr.ca as primary domain	Joshi, M., Subramaniam, R., et Rampitsch, C. (2011). « Identifying targets of NADPH oxidase‐mediated redox signalling in Fusarium graminearum using an LC‐MS approach. », 7th Canadian Workshop on Fusarium Head Blight (CWFHB) / Colloque canadien sur la fusariose, Delta Winnipeg Hotel, Winnipeg, MB, Canada, November 27-30, 2011, p. 97.

Screening and Structura...

Show text Show cached source Open source URL	"Screening and Structural Characterization of α-Glucosidase Inhibitors from Hawthorn Leaf Flavonoids Extract by Ultrafiltration LC-DAD-MSn and SORI-CID FTICR MS.", Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 20(8), pp. 1496-1503.
Compare text pages Compare HTM pages Open source URL Open target URL Define agr.ca as primary domain	Li, H., Song, F., Xing, J., Tsao, R., Liu, Z.-Q., et Liu, S.-Y. (2009). « Screening and Structural Characterization of α-Glucosidase Inhibitors from Hawthorn Leaf Flavonoids Extract by Ultrafiltration LC-DAD-MSn and SORI-CID FTICR MS. », Journal of the American Society for Mass Spectrometry, 20(8), p. 1496-1503. doi : 10.1016/j.jasms.2009.04.003 Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Monreal, Carlos, Ph.D. ...

Show text Show cached source Open source URL	McRae, G. and Monreal, C.M. (2011). "LC-MS/MS quantitative analysis of reducing carbohydrates in soil solutions extracted from crop rhizospheres.", Analytical and Bioanalytical Chemistry, 400(7), pp. 2205-2215.
Compare text pages Compare HTM pages Open source URL Open target URL Define agr.ca as primary domain	McRae, G. et Monreal, C.M. (2011). « LC-MS/MS quantitative analysis of reducing carbohydrates in soil solutions extracted from crop rhizospheres. », Analytical and Bioanalytical Chemistry, 400(7), p. 2205-2215. doi : 10.1007/s00216-011-4940-4

Monreal, Carlos, Ph.D. ...

Show text Show cached source Open source URL	McRae, G. and Monreal, C.M. (2011). "LC-MS/MS quantitative analysis of reducing carbohydrates in soil solutions extracted from crop rhizospheres.", Analytical and Bioanalytical Chemistry, 400(7), pp. 2205-2215.
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Sumarah, Mark, PhD - Ag...

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Kirby, Christopher W., ...

Show text Show cached source Open source URL	"Isolation and structural characterization of unusual pyranoanthocyanins and related anthocyanins from Staghorn sumac (Rhus typhina L.) via UPLC–ESI-MS, 1H, 13C, and 2D NMR spectroscopy.", Phytochemistry.
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AcMNPV EXON0 (AC141) wh...

The Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) encoded protein, EXON0 (AC141), is required for the efficient transport of nucleocapsids out of the nucleus for the production of budded virus (BV). To further elucidate the molecular mechanisms by which EXON0 regulates BV production, EXON0 was tagged at the N-terminus with 3× FLAG-6× His.

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La protéine EXON0 (AC141) du virus Autographa californica de la polyhédrose nucléaire multiple (AcMNPV) est nécessaire au transport des nucléocapsides à l’extérieur du noyau, lors de la production des virions bourgeonnants (BV). Pour mieux comprendre les mécanismes moléculaires par lesquels EXON0 influe sur la production des BV, nous avons marqué l’extrémité N terminale de la protéine avec l’étiquette 3× FLAG-6× His. Les complexes protéiques ont été isolés au moyen de la purification par affinité en tandem, après quoi ils ont été purifiés sur gel et identifiés par CPL SM/SM. L’analyse a révélé que la protéine cellulaire β-tubuline a été co-purifiée avec la protéine EXON0, ce qui a été confirmé par co-immunoprécipitation. De plus, l’immunofluorescence a montré que la protéine EXON0 et la β-tubuline étaient co-localisées durant l’infection virale. La colchicine et le nocodazole, des inhibiteurs de microtubules, ont été utilisés pour traiter les cellules Sf9 infectées par le virus AcMNPV. Les résultats ont montré que la production de BV a été réduite de plus de 85 %. Ces données semblent indiquer que les interactions entre la protéine EXON0, la β-tubuline et les microtubules faciliteraient le bourgeonnement des virions AcMNPV.

Identification of Pheny...

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Phytochemicals and spor...

Plants trigger various responses in the organisms living around them using a wide array of phytochemi-cals, which are components of their adaptation to a biological environment. The roots of five varieties of chickpea inoculated with Glomus intraradices were extracted, and extracts were fractionated, first based on solubility in methanol and further by HPLC.

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Les végétaux déclenchent diverses réactions chez les organismes vivant autour d’eux, en produisant une vaste gamme de composés qui contribuent à leur adaptation à un biotope donné. Après avoir inoculé un champignon mycorhizien à arbuscules (CAM), le Glomus intraradices, à cinq variétés de pois chiche, nous avons obtenu des extraits de leurs racines, puis nous avons fractionné ces extraits d’abord selon la solubilité dans le méthanol puis au moyen d’une chromatographie en phase liquide à haute résolution (HPLC). Nous avons ainsi observé une relation entre le génotype de pois chiche et la composition phytochimique des racines. Dans le cadre d’épreuves biologiques sur plaques multipuits, plusieurs fractions HPLC d’extraits de la variété ‘CDC Anna’ ont eu un effet répresseur sur la germination des spores du CAM. Cet effet pourrait permettre à la plante d’exercer un contrôle sur les CAM avec lesquels il entretient une symbiose. Les spores du Glomus etunicatum et du Gigaspora rosea ont réagi différemment à une exposition aux fractions HPLC solubles dans le méthanol à 25 %. Il se peut donc que la réaction différente des diverses espèces de CAM aux diverses substances phytochimiques explique en partie les « préférences » des CAM en matière d’hôte. Nous avons détecté de l’extensine et certaines autres protéines dans une fraction d’extrait racinaire bioactif, mais il se peut que d’autres protéines, non détectées par analyse LC-MS/MS, ainsi que des composés non peptidiques aient un effet répresseur sur la germination des spores de CAM.

TAB2, a nucleoside diph...

With previous proteomics approaches, we specifically studied activation events downstream of tMEK2, a mitogen-activated protein kinase kinase (MAPKK), in tomato. LCMS/ MS revealed a group of phosphoproteins in tMEK2MUT-transgenic tomato plants, where tMEK2 was constitutively activated.

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Les plantes utilisent des systèmes de transduction des signaux pour coordonner leur développement ainsi que pour détecter les changements qui surviennent dans leur environnement et y réagir. Nous avons utilisé des approches de protéomique pour étudier les événements survenant en aval de la tMEK2, une protéine-kinase-kinase activée par les facteurs mitogènes (MAPKK), chez la tomate. La CPL-SM/SM a révélé la présence d’un groupe de phosphoprotéines chez les plantes de tomate transgéniques tMEK2MUT, où tMEK2 était activée de façon constitutive. Fait intéressant à noter, la présence de la protéine TAB2, une nucléoside diphosphate kinase (NDPK), qui a longtemps été considérée comme une enzyme de ménage non régulatrice. La surexpression de tMEK2MUT dans les protoplastes et les plantes de tomate ont entraîné une régulation à la hausse de l’expression de l’enzyme TAB2. La surexpression de TAB2 a également augmenté la résistance de la plante à l’égard de la bactérie virulente Pseudomonas syringae pv. Tomate. Une mutation dans le motif d’interaction avec la kinase (KIM, pour kinase interaction motif) de l’enzyme TAB2 a significativement réduit la régulation à la hausse des gènes codant la PRB1b1, la b-1,3-glucanase et la chitinase, une régulation à la hausse induite par la tMEK2MUT. Les essais de précipitation par affinité (pull down) semblent indiquer que l’enzyme TAB2 interagit avec l’enzyme LeMPK3, mais pas avec d’autres membres des MAPK ou des tMEK2 de la tomate. Nos résultats donnent à penser que la TAB est en aval de la LeMPK3 et qu’elle intervient directement dans la résistance à la maladie assurée par la tMEK2.

AcMNPV EXON0 (AC141) wh...

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Assessment of Regenerat...

Five different varieties of Japanese plum ('Shiro', 'Early Golden', 'Gladstone', 'Red Heart' and 'Bruce'), four different basal salt mixtures (QL, WPM, B5 and MS), light regimes and TDZ pretreatments were evaluated to optimize adventitious shoot regeneration.

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Pour augmenter les taux de transformation chez les végétaux, il est très important d’obtenir des taux de régénération élevés et d’optimiser les facteurs d’expression transitoire. Nous avons mis au point un protocole de régénération efficace et effectué des expériences d’expression transitoire pour obtenir les données nécessaires à l’amélioration du système de transformation du prunier japonais (Prunus salicina Lindl.) par Agrobacterium tumefaciens. Nous avons évalué cinq variétés différentes de prunier japonais (‘Shiro’, ‘Early Golden’, ‘Gladstone’, ‘Red Heart’ et ‘Bruce’), quatre mélanges de sels de base différents (QL, WPM, B5 et MS), quatre programmes d’éclairage et quatre prétraitements au TDZ dans le but d’optimiser la régénération de pousses adventices. La capacité de régénération variait beaucoup selon la variété utilisée. La composition en sels de base avait un effet significatif sur la fréquence de régénération. Nous avons obtenu les meilleures fréquences de régénération avec la variété ‘Shiro’ (56,4 %) sur mélange QL et avec la variété ‘Early Golden’ (42,8 %) sur mélange B5. Nous avons ensuite effectué des expériences d’expression transitoire à l’aide de trois souches de Agrobacterium tumefaciens, LBA4404, EHA105 et GB3101, contenant le vecteur binaire pCAMBIA2301. Nous avons observé des différences significatives selon la souche de Agrobacterium utilisée. Les souches LBA4404 et EHA105 étaient beaucoup plus efficaces que la souche GV3101, et la présence d’acétosyringone dans le milieu de coculture se traduisait par une augmentation de l’expression du gène GUS.

Separation and identifi...

N-heterocyclics were separated from a biooil, generated by the pyrolysis of chicken manures by column chromatography over neutral alumina and silica, and identified by Pyrolysis Field Ionization Mass Spectrometry (Py-FIMS) and Electrospray Ionization Mass Spectrometry (ESI-MS).

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Nous avons séparé par chromatographie sur colonne d’alumine neutre et de silice les composés N‑hétérocycliques d’une biohuile obtenue par la pyrolyse de fumier de poulet et les avons identifiés par pyro-spectrométrie de masse à ionisation de champ (Py‑FIMS) et spectrométrie de masse avec ionisation electrospray (ESI‑MS). Nous avons confirmé l’identité des structures chimiques dont la présence était indiquée par ESI‑MS en comparant les spectres de masse de dissociation induite par collision des inconnus et ceux d’étalons. Nous avons identifié les sept structures basiques suivantes : pyrazine, benzoquinoline, carbazole, phénylpyridine, indole, pyrazole et pyridine. Les hydrogènes disponibles liés aux carbones et azotes du cycle des sept composés N‑hétérocycliques étaient de plus en plus substitués par des groupements alkyle, principalement des groupements méthylène (m/z 14) pour donner des composés N‑hétérocycliques mono‑, di‑ et tri‑méthylés. Dans certains cas, les substituants étaient des groupements alkyle à plus longue chaîne, comme des groupements éthyle, propyle et jusqu’à heptyle.

Secondary metabolites f...

The extracts of a selection of 150 foliar fungal endophytes isolated from Picea rubens (red spruce) needles were screened by LC-MS and assayed for toxicity. Three of these strains that were toxic to the forest pest Choristoneura fumiferana (eastern spruce budworm) in dietary bioassays were selected for further study.

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Des extraits d’une sélection de 150 endophytes fongiques foliaires isolés à partir d’aiguilles de Picea rubens (épinette rouge) ont été filtrés par CL - SM et soumis à des essais de toxicité. On a sélectionné pour des études supplémentaires trois de ces souches qui étaient toxiques pour le ravageur forestier Choristoneura fumiferana (tordeuse des bougeons de l’épinette) selon des essais biologiques alimentaires. On a analysé des extraits de cultures de ces souches par CL - spectroscopie RMN, et les principaux métabolites ont été isolés par CL - SM - EPS ou par CCMP/chromatographie sur colonne et caractérisés. On a élucidé leur structure par des analyses spectroscopiques, notamment la RMN 2D, la SMHR et par comparaison avec les données de la documentation. Les composés 1 et 5 - 7 étaient inconnus à ce jour, alors que les composés 2 et 3 sont des produits naturels décrits pour la première fois. On a rapporté pour la première fois que le composé 4 est un métabolite fongique et on a identifié les composés 8 - 9, qui sont des métabolites fongiques de genres connus. Le filtrage des endophytes fongiques de Picea rubens a donné des extraits qui présentaient des signes de toxicité pour le ravageur forestier Choristoneura fumiferana selon des essais biologiques alimentaires. L’isolation des principaux métabolites de trois de ces souches a permis la découverte de quatre produits naturels, les composés 1 et 5 - 7.

Separation and identifi...

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Simultaneous isolation ...

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Secondary metabolites f...

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We report the first proteome of infection structures from parasitized wheat leaves, enriched for haustoria through filtration and sucrose density centrifugation. 2-D PAGE MS/MS and gel-based LC-MS (GeLC-MS) were used to separate proteins.

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Puccinia triticina (Pt) est une espèce type représentant plusieurs pathogènes fongiques des céréales d’importance économique majeure dans le monde. Dès qu’il s’introduit dans les stomates des feuilles, ce champignon produit des haustoriums intracellulaires, c’est-à-dire des structures associées à l’alimentation. Nous présentons, ici, le premier protéome des structures infectantes des feuilles de blé parasitées. Pour enrichir notre préparation en haustoriums, nous avons eu recours à la filtration et à la centrifugation sur un gradient de saccharose. L’électrophorèse à deux dimensions sur gel de polyacrylamide (2-D PAGE) suivie d’une spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) et la chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse et à l’électrophorèse sur gel (GeLC-MS) ont servi à séparer les protéines. Les spectres obtenus ont été comparés au protéome partiel prévu par un génome préliminaire de Pt et des étiquettes de séquences transcrites (EST) ainsi qu’au complément protéique du génome entier présumé du champignon apparenté causant la rouille des tiges du blé, Puccinia graminis f. sp. tritici (Pgt) et à diverses ressources végétales. Nous avons identifié 260 protéines fongiques, dont 16 qui correspondaient à des peptides de Pgt. D’après les données bio-informatiques et/ou la présence d’un peptide signal, au moins 50 protéines seraient sécrétées. Parmi celles-ci, six ont la signature d’une protéine effectrice, certaines sont apparentées et les gènes correspondant à plusieurs d’entre elles semblent appartenir à des familles multigéniques. Plusieurs types de protéines ont été détectées, dont des protéines de structure ribosomiques et des protéines jouant un rôle dans le métabolisme de l’énergie, le métabolisme général et le transport. La RT-PCR utilisée pour mesurer l’expression génique de dix candidats représentatifs au cours de plusieurs stades du cycle de vie a révélé que, lors d’une infection, tous les gènes examinés étaient fortement régulés à la hausse et que quatre d’entre eux n’étaient exprimés qu’au moment de l’infection.

Functions of

This study aimed to determine the role of the antifungal compound(s) in the cell-free filtrate of B. amyloliquefaciens C06 by an approach combining a DNA-based suppression subtractive hybridization (SSH) method with MALDI-TOF-MS analysis.

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Des travaux antérieurs ont révélé que Bacillus amyloliquefaciens C06 est efficace contre la pourriture brune des fruits à noyau causée par le champignon Monilinia fructicola. Dans des épreuves in vitro, un filtrat acellulaire de B. amyloliquefaciens C06 a inhibé dans une mesure significative la croissance du mycélium et la germination des conidies du champignon pathogène. Nous avons réalisé l’étude présentée ici pour déterminer le rôle des composés antifongiques du filtrat acellulaire de B. amyloliquefaciens C06 par une méthode combinant l’hybridation suppressive soustractive d’ADN avec l’analyse par MALDI-TOF-MS. Nous avons constaté que B. amyloliquefaciens C06 possède 2 gènes, soit le gène bmyC et le gène fenD, qui interviennent dans la biosynthèse de 2 lipopeptides, la bacillomycine D, de la famille des iturines, et la fengycine, de la famille des fengycines. Pour savoir comment ces 2 lipopeptides interviennent dans l’inhibition de M. fructicola, des mutants de B. amyloliquefaciens C06 ne produisant pas de bacillomycine D ou de fengycine, ou ne produisant ni l’un ni l’autre de ces 2 lipopeptides, ont été construits et évalués in vitro avec le type sauvage de B. amyloliquefaciens C06. Nos résultats indiquent que la bacillomycine D et la fengycine ont contribué conjointement à l’inhibition de la germination des conidies de M. fructicola, et que la fengycine a joué un rôle déterminant dans l’inhibition de la croissance mycélienne de ce champignon pathogène.

Commercial extract of t...

At the concentration of 1.0 g/L, ANE treatment significantly increased the total phenolics and flavonoids content, total antioxidant activity (as measured by DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) radical scavenging capacity) and Fe2+ chelating ability in spinach leaves. The 1H NMR and LC-MS analyses of spinach extract suggests that the increased antioxidant activity is largely associated with flavonoids.

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On s’intéresse beaucoup à l’augmentation de la qualité nutritionnelle des fruits et légumes frais, notamment des légumes. Nous avons étudié l’effet du traitement des racines d’épinards avec des extraits commerciaux de l’algue brune, Ascophyllum nodosum (EAN), sur la concentration d’antioxydants dans les épinards. À la concentration de 1,0 g/L, le traitement à l’EAN a permis d’augmenter significativement les caractéristiques suivantes dans les feuilles d’épinards : teneur en phénols totaux et en flavonoïdes, activité antioxydante totale (mesurée à titre de capacité de captation des radicaux de DPPH [2,2-diphényl-1-picrylhydrazyl]) et capacité de chélation du Fe2+. L’analyse par RMN du 1H et par CPL-SM des extraits d’épinards semble indiquer que l’activité antioxydante accrue est étroitement liée aux flavonoïdes. Nous avons utilisé le modèle du nématode Caenorhabditis elegans pour étudier l’effet biologique des polyphénols, dont la quantité avait été accrue par le traitement à l’EAN. Comparativement aux plantes non traitées, les extraits d’épinards traités à l’EAN ont significativement amélioré la survie des nématodes soumis à un stress oxydatif (50 % vs 0%) ainsi que celle des animaux soumis à une température élevée (61 % vs 38 %). Ensemble, ces résultats donnent à penser que l’EAN stimule la synthèse de flavonoïdes dans les feuilles d’épinards, augmentant ainsi leur qualité nutritionnelle. En outre, la teneur accrue en flavonoïdes a, chez C. elegans, un effet protecteur contre les stress oxydatif et thermique.

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Award-Winning Author La...

Ottawa, Ontario, September 26, 2012 - Agriculture and Agri-Food Canada (AAFC) is hosting a book launch for Official Plant Emblems of Canada: A Biodiversity Treasure. Award-winning author Dr. Ernie Small along with Dr. Paul M. Catling and Ms. Brenda Brookes, all AAFC scientists, will talk about how native Canadian plants become the official emblems of the provinces, territories and country.

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Ottawa (Ontario), le 26 septembre 2012 - Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) organise un lancement de livre pour Emblèmes floraux officiels du Canada : Un trésor de biodiversité. Auteur célèbre Ernie Small, en collaboration avec Paul Catling et Brenda Brookes, tous scientifiques d'AAC, discutons la façon donc les plantes indigènes du Canada deviennent les emblèmes officiels des provinces, des territoires et du pays. Les auteurs seront sur place pour signer des copies et pour répondre aux questions des médias.

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Newlands, Nathaniel, Ph...

"A renewable source of jetfuel from alternative oilseeds? Predicting crop response under environmental variability.", 782: Visualization,Imaging and Image Processing/783: Modelling and Simulation/784: Wireless Communications (VIIP,MS,WC 2012), Banff, AB, Canada, July 3-5, 2012, Published in: Al Zahir, S., Hamza, M.H. and Cheng, J. (eds.) - 782: Visualization, Imaging and Image Processing / 783: Modelling and Simulation / 784: Wireless Communications (VIIP,MS,WC 2012), Acta Press, pp. 283-291.

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Newlands, N.K., Townley-Smith, L., et Porcelli, T.A. (2012). « A renewable source of jetfuel from alternative oilseeds? Predicting crop response under environmental variability. », 782: Visualization,Imaging and Image Processing/783: Modelling and Simulation/784: Wireless Communications (VIIP,MS,WC 2012), Banff, AB, Canada, July 3-5, 2012, Published in: Al Zahir, S., Hamza, M.H. and Cheng, J. (eds.) - 782: Visualization, Imaging and Image Processing / 783: Modelling and Simulation / 784: Wireless Communications (VIIP,MS,WC 2012), Acta Press, p. 283-291.

Zeatin and TDZ-induced ...

A procedure for in vitro propagation of roseroots (Rhodiola rosea L.), a medicinal plant, was developed using a RITA bioreactor system containing liquid medium, combined with a gelled medium. Wild roseroot clones: 'RC1', 'RC2' and 'RC3' were established on a basal medium (BM) from in vitro-germinated seedlings on half-strength Murashige and Skoog (MS) salts.

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Nous avons mis au point un procédé de multiplication in vitro pour une plante médicinale, l’orpin rose (Rhodiola rosea L.), au moyen d’un bioréacteur RITA renfermant un milieu liquide combiné à un milieu gélifié. Nous avons d’abord établi les clones d’orpin rose 'RC1', 'RC2' et 'RC3' sur un milieu de base (MB), à partir de plantules obtenues par germination in vitro en présence d’une demi-dose de sels de Murashige et Skoog. L’application de 2 à 4 μM de TDZ a permis une prolifération des pousses mais inhibé leur élongation dans le cas du 'RC1' cultivé sur milieu gélifié. Le taux de multiplication variait significativement selon les clones, et nous avons obtenu le plus grand nombre de pousses par explant avec le 'RC1' cultivé sur milieu de base gélifié renfermant 2 μM de zéatine. En bioréacteur, l’application de 0,5 μM de TDZ a permis une prolifération rapide des pousses, mais l’application d’une concentration supérieure de cette substance a induit une hyperhydricité chez les pousses. Dans le cas de tous les clones, les pousses hyperhydriques multipliées en bioréacteur et transférées dans un milieu gélifié additionné de 1 à 2 μM de zéatine ont produit des pousses normales au bout de 4 semaines. Nous avons fait raciner les pousses in vitro sur un milieu de base non additionné de régulateurs de croissance. Presque toutes (90 à 95 %) les plantules obtenues in vitro ont survécu à leur transplantation dans un milieu de culture en pots.

Phytochemicals and spor...

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AcMNPV AC16 (DA26, BV/O...

The protein interactions required for IE0 or IE1 to achieve these varied roles are not well defined, so to identify proteins that interact with IE0 and IE1, tandem affinity purification (TAP) and LC-MS/MS was used.

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Les protéines IE0 et IE1 sont les principales protéines du virus Autographa californica de la polyhédrose nucléaire multiple (AcMNPV) qui interviennent dans la transactivation des gènes précoces, la stimulation de l’expression des gènes tardifs et la réplication de l’ADN viral. Les interactions protéiques nécessaires à ces diverses fonctions sont mal connues, alors pour identifier les protéines interagissant avec IE0 et IE1, nous avons eu recours à la purification par affinité en tandem (TAP) et à la CPL-SM/SM. L’analyse des protéines purifiées a permis d’identifier la protéine AC16 (DA26, BV/ODV-E26) parmi les protéines IE0 marquées d’une étiquette TAP dans les cellules Sf9 infectées par le virus. La co-immunoprécipitation a permis de confirmer que la protéine AC16 interagit avec les protéines IE0 et IE1, et l’analyse des doubles hybrides de levures, de cartographier le domaine requis pour les interactions avec AC16. Les mutations produites dans le domaine de liaison de la protéine AC16 ont entraîné une augmentation de la production de virions bourgeonnants chez les virus qui n’exprimaient que la protéine IE0, mais elles n’ont eu aucun effet chez ceux qui n’exprimaient que la protéine IE1. Nous avons construit un virus comportant une délétion AC16 et avons trouvé que cette délétion n’avait pas d’effet sur l’expression temporelle des protéines IE0 et IE1; toutefois, la quantité relative de IE0 par rapport à IE1 était considérablement accrue.

Chemical composition of...

The four fractions were analyzed by elemental analyses, Fourier Transform infrared spectrophotometry (FTIR), 1H and 13C nuclear magnetic spectroscopy (NMR), and electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS).

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Nos études antérieures sur la composition chimique des biohuiles issues de la pyrolyse rapide du fumier de poulet ont révélé la présence de plus de 500 composés. Dans le but de simplifier ce système chimique hétérogène et complexe, nous avons préparé quatre fractions différentes de ces biohuiles en fonction de leur solubilité dans des solutions aqueuses à différents pH : fraction fortement acide A (3 %), fraction faiblement acide B (21,3 %), fraction basique C (2,4 %) et fraction neutre D (32,4 %). Nous avons analysé les quatre fractions par analyse élémentaire, spectrophotométrie infrarouge à transformée de Fourier (FTIR), spectroscopie de résonance magnétique (RMN) 1H et 13C et spectrométrie de masse à ionisation par électronébulisation (ESI MS). Les principaux constituants des quatre fractions étaient des acides gras saturés et insaturés, des composés N hétérocycliques, des phénols, des stérols, des diols et des alkylbenzènes. La séparation selon le pH a permis d’obtenir des fractions plus homogènes chimiquement.

Effects of moisture and...

In the feedlot experiment, treatments with three barley grain/barley silage based diets were prepared using barley grain at 7.7% moisture (dry, D), after tempering to 18% moisture (M), or after tempering with a saponin-based surfactant included at 60 ml/t (MS).

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Nous avons réalisé des expériences sur la rumination en parc d’engraissement et in vitro pour étudier les effets que peut avoir sur la performance de croissance et la fermentation ruminale des bovins le surfactant contenant de la saponine qui est appliqué durant le trempage de l’orge en grain. Dans l’expérience effectuée en parc d’engraissement, nous avons préparé trois rations à base de grain et d’ensilage d’orge; nous avons employé du grain d’orge à teneur en eau de 7,7 % (S), de l’orge trempée jusqu’à ce que sa teneur en eau atteigne 18 % (T) ou de l’orge trempée traitée avec un surfactant à base de saponine à raison de 60 mL/t (TS). Dans chaque cas, l’orge a été aplatie, la machine étant réglée suivant les valeurs déterminées préalablement pour l’obtention d’un produit optimal. Nous avons utilisé en tout 180 bouvillons British×Charolais récemment sevrés que nous avons répartis en 18 enclos; nous leur avons donné ces trois rations pendant une période de semi‑finition de 63 jours et une période de finition de 91 jours et nous avons déterminé leur consommation de nourriture, leur vitesse de croissance et l’efficacité alimentaire. Les animaux ont été abattus à la fin de l’expérience, et nous avons mesuré les caractéristiques de leur carcasse. Nous avons constaté que le trempage du grain a entraîné la baisse (p < 0,001) du poids spécifique et de l’indice de transformation, mais les caractéristiques de transformation de l’orge TS et de l’orge T étaient comparables. Par ailleurs, avec les grains trempés, nous avons constaté une augmentation (p < 0,05) de la croissance, mais seulement durant la période de semi‑finition, par comparaison aux grains S; la consommation d’aliments, quant à elle, n’a été changée ni dans l’une, ni dans l’autre des deux périodes. Durant la semi‑finition, l’efficacité alimentaire a été améliorée par le trempage, mais durant la finition et pour l’ensemble des deux périodes, cet effet n’a été observé qu’avec le grain traité au surfactant. Le trempage n’a pas eu d’influence sur le poids de la carcasse, ni sur sa teneur en gras ou son rendement en viande. Avec les grains traités au surfactant, la proportion de carcasses classées dans la catégorie AAA a doublé. Dans l’expérience in vitro, nous avons incubé 500 mg d’orge (moulue jusqu’à une granulométrie de moins de 1,0 mm ou aplatie à la vapeur) dans 40 mL de liquide ruminal tamponné additionné ou non de surfactant jusqu’à concurrence ce 20 μL/g de matière sèche de substrat, pendant 24 h.

AcMNPV AC16 (DA26, BV/O...

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RNAi-Mediated Suppressi...

Levels of these carotenoids were also enhanced but to a lesser extent in seeds of transgenic plants with seed-specific silencing of DET1. Moreover, sinapate esters 1,2-disinapoylgentiobiose and 1,2-di-O-sinapoylglucose were identified in the seeds using 1D and 2D NMR, as well as ESI-MS spectrum analyses.

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Chez Brassica napus, les caroténoïdes et les esters de l’acide sinapique influent sur la valeur nutritionnelle de la graine. Dans la présente étude, nous avons réprimé le gène de régulation DE ETIOLATED1 (DET1) de façon constitutive et de manière spécifique dans la graine, avec l’ARNi. Ce gène est un répresseur des réponses photodépendantes chez les plantes et il influe sur les voies biosynthétiques des caroténoïdes et des flavonoïdes chez la tomate. La répression constitutive du gène DET1 a donné lieu à des graines transgéniques contenant beaucoup plus de lutéine, de β-carotène et zéaxanthine que les graines non transgéniques. La concentration de ces caroténoïdes était également accrue, mais dans une moindre mesure, dans les graines des plantes transgéniques chez lesquelles le gène DET1 avait été spécifiquement réprimé dans la graine. De plus, la RMN 1D et 2D, ainsi que l’analyse des spectres obtenus par spectrométrie de masse à ionisation par nébulisation (ESI-MS) ont révélé la présence des esters de l’acide sinapique suivants : 1,2 disinapoylgentiobiose et 1,2-di-O-sinapoylglucose. Les concentrations de 1,2-di-O-sinapoylglucose dans les graines des deux séries de plantes transgéniques étaient plus faibles que dans les graines non transgéniques. Les résultats montrent que la répression du gène DET1 chez B. napus peut accroître la concentration des caroténoïdes et diminuer celles des esters de l’acide sinapique de manière concomitante dans les graines, améliorant ainsi leur valeur nutritionnelle globale.

Proteomic analysis of t...

Twenty-five protein spots were consistently observed as differential in the proteome profiles of the two isolates. The protein sequences in the spots were identified by LC-ESI-MS/MS and MASCOT database searches.

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Le Verticillium dahliae est un champignon transmis par la terre qui provoque un flétrissement vasculaire ainsi que des pertes chez une vaste gamme de plantes cultivées d’importance économique dans le monde entier. Dans le cadre de la présente étude, nous avons comparé le protéome d’isolats fortement (Vd1396-9) et faiblement (Vs06-14) agressifs du V. dahliae, afin de déterminer quelles protéines pourraient constituer des facteurs de pathogénicité. Nous avons observé de façon régulière 25 spots protéiques permettant de distinguer les profils protéomiques des deux isolats. Nous avons comparé les séquences protéiques de ces spots à celles figurant dans les bases de données LC-ESI-MS/MS et MASCOT, et certaines présentaient une homologie avec des protéines fongiques jouant un rôle dans la réponse au stress, la colonisation, la synthèse de la mélanine, la formation de microsclérotes, la résistance aux antibiotiques et la pénétration du champignon. Or, ces fonctions sont importantes pour l’infection de l’hôte et pour la survie du pathogène dans le sol. Une protéine présente uniquement chez l’isolat le plus agressif s’est révélée être l’isochorismatase hydrolase, suppresseur potentiel des défenses de la plante. Cette enzyme pourrait inhiber la production de l’acide salicylique, qui joue un rôle important dans la signalisation de réponse intervenant dans la défense de la plante. Nous avons relevé chez l’isolat le plus agressif d’autres séquences pouvant correspondre à des facteurs de pathogénicité. Nos résultats montrent que les analyses protéomiques, lorsque combinées à la génomique fonctionnelle, peuvent fournir des éclairages supplémentaires sur la pathogenèse de la verticilliose et sur les stratégies de lutte possibles contre cette maladie.

Prenatal alcohol exposu...

To gain more insights into the translational and post-translational modifications that occur in rat offspring exposed to alcohol in utero, 2-D PAGE with total, phospho- and glycoprotein staining and MALDI-MS/MS and database searching were conducted.

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Pour mieux comprendre les modifications traductionnelles et post-traductionnelles qui se produisent chez les rats exposés à l’alcool in utero, nous avons utilisé la technique PAGE en 2 D avec coloration des protéines totales et des phospho- et glycoprotéines, la technique MALDI MS/MS et la recherche dans les bases de données. Les résultats, basés sur la modification de l’expression des protéines, ont montré qu’une exposition prénatale à l’alcool se traduisait par une régulation négative de l’expression des protéines totales chez des rats de 7 jours et de 3 mois. L’exposition prénatale à l’alcool entraînait une régulation positive de la phosphorylation des protéines, mais une régulation négative de la glycosylation chez les deux groupes d’âge. Parmi les 31 bandes de protéines examinées par groupe, les protéines dont l’expression était différente étaient : chaîne légère de la ferritine, aldo-céto réductase, antigène de rejet de tumeur gp96, fructose-1,6-bisphosphatase, glycérol-3-phosphate déshydrogénase, malate déshydrogénase et &Upsilon actine. Nous avons observé une augmentation de la phosphorylation de protéines telles que la calmoduline, la glutathion S transférase, la protéine 58 régulée par le glucose, l’α énolase, le facteur d’élongation de la traduction eucaryote 1 β 2, la protéine ribosomique P2, l’agmatinase, l’ornithine carbamoyltransférase, la quinolinate phosphoribosyltransférase, la formimidoyltransférase cyclodésaminase et l’actine. En outre, il y avait réduction de la glycosylation de l’adénosine kinase, de l’adénosylhomocystéine hydrolase et de la 3 hydroxyanthranilate dioxygénase. Les fonctions touchées par ces modifications protéiques étaient la signalisation cellulaire, la voie de réponse au stress cellulaire, la synthèse des protéines, la formation du cytosquelette, ainsi que les métabolismes du glucose, des acides aminés, de l’adénosine et de l’énergie. L’exposition prénatale à l’alcool augmentait l’activité d’une enzyme de la gluconéogenèse, la fructose-1,6-bisphosphatase. Ces observations pourraient avoir des répercussions physiologiques importantes.

Preparative separation ...

The structures of four compounds were identified by their retention time, the liquid chromatography-electrospray ionization-mass spectrometry (LC-ESI-MS) in the positive ion mode, and confirmed by NMR.

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Nous présentons ici les résultats de la première purification, par chromatographie à contre-courant haute performance (HPCCC), de chromones (prim-O-glucosylcimifugine, 4′-O-β-D-glucosyl-5-O-méthylvisamminol, cimifugine et sec-O-glucosylhamaudol) isolées de Saposhnikovia divaricata. Nous avons utilisé un système d’acétate d’éthyle/n butanol/éthanol/eau (1:1:0.1:2, v/v/v/v) et les paramètres de séparation ont d’abord été vérifiés sur la HPCCC analytique, puis les conditions optimisées ont été mises à l’échelle pour la HPCCC préparative. En tout, nous avons purifié 72,1 mg de prim-O-glucosylcimifugine, 27 mg de 4′-O-β-D-glucosyl-5-O-méthylvisamminol, 14,1 mg de cimifugine et 1,1 mg de sec-O-glucosylhamaudol des 960 mg de l’extrait au n-butanol de S. divaricata. La chromatographie en phase liquide haute performance (HPLC) a révélé une pureté de plus de 90 % pour chacune des chromones. La structure des quatre composés a été déterminée par leur temps de rétention en chromatographie en phase liquide couplée à l’ionisation par électronébulisation et à la spectrométrie de masse (LC-ESI-MS) en mode positif. Nous avons ensuite eu recours à la RMN pour confirmer les structures. Nous avons analysé les profils de fragmentation LC-ESI-MS caractéristiques des quatre composés et concluons qu’il s’agit d’un outil très spécifique et utile pour identifier la structure des chromones de S. divaricata.

Prenatal alcohol exposu...

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Preparative separation ...

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Redox-sensitive proteom...

Oxidative signalling by ROS has been demonstrated to play a role in seed dormancy alleviation, but the detailed molecular mechanisms underlying this process remain largely unknown. Here, we show dynamic differences in redox-sensitive proteome upon wheat seed dormancy release.

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Il a été démontré que la signalisation oxydative par des formes réactives de l’oxygène joue un rôle dans la levée de la dormance des graines, mais on connaît encore mal les mécanismes moléculaires qui sous-tendent ce processus. Nous montrons ici que le protéome sensible à l’état redox subit des changements dynamiques au moment de la levée de la dormance des graines. Nous avons employé un marquage fluorescent spécifique aux groupes thiol, un fractionnement des protéines en fonction de leur solubilité, une électrophorèse IEF-PAGE en deux dimensions et une analyse par spectrométrie de masse, en combinaison avec des banques de séquences EST du blé, pour caractériser les protéines subissant des changements redox réversibles. Nous avons ainsi relevé au total 193 cystéines réactives réparties entre 79 protéines distinctes réagissant de manière différentielle aux protéines extraites des graines dormantes ou non dormantes, traitées à l’acide abscissique ou à l’acide gibbérellique, du blé RL4137, cultivar à dormance extrême. Les protéines ainsi identifiées comprenaient des groupes sensibles à l’état redox, au stress ou aux pathogènes, des enzymes du métabolisme des glucides, des protéases ainsi que des protéines intervenant dans la synthèse, le transport ou le stockage des protéines ou dans la transduction des signaux. Nous avons ainsi pu détecter deux types de réaction à l’état redox : (i) une augmentation considérable de l’état redox des groupes thiol des protéines des graines, pendant l’imbibition et le traitement hormonal; (ii) un accroissement de la capacité antioxydante, relié à l’atteinte d’un seuil du potentiel redox et à un équilibrage des pools redox existants, chez les graines sèches dormantes par rapport aux graines non dormantes. Ces résultats tendent à confirmer l’existence de mécanismes de défense antioxydante protégeant les graines pendant leur dormance.

AgriStability: 2011 Pro...

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AgriStability: 2011 Pro...

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A decade of plant prote...

Tremendous progress in plant proteomics driven by mass spectrometry (MS) techniques has been made since 2000 when few proteomics reports were published and plant proteomics was in its infancy. These achievements include the refinement of existing techniques and the search for new techniques to address food security, safety, and health issues.

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Des progrès énormes ont été réalisés en protéomique des plantes grâce aux techniques de spectrométrie de masse (SM) depuis l’année 2000, année avant laquelle seulement quelques rapports sur ce domaine avaient été publiés et avant laquelle la protéomique en était encore à ses premiers pas. Parmi ces progrès, on retrouve la raffinement des techniques existantes et la recherche de nouvelles techniques pour traiter les problèmes de santé et de sécurité alimentaire. On prévoit qu’en 2050 la population mondiale atteindra 9-12 milliards de personnes, nécessitant un accroissement de la production d’aliments de 34-70 % (FAO, 2009) par rapport à la production actuelle. La production d’aliments de manière durable et respectueuse de l’environnement pour répondre à une telle demande requiert que la production agricole augmente de manière significative et que les systèmes de traitement de cette production après les récoltes et de production d’aliments deviennent plus efficaces et moins énergivores, que les pertes après récolte soient réduites, que moins de déchets soient produits et que les aliments aient une plus longue durée de vie. Il est aussi nécessaire de rechercher des sources de protéines pour remplacer les protéines animales (protéines végétales) afin de satisfaire la demande accrue en protéines d’ici 2050. La biologie végétale a donc un rôle critique à jouer en tant que domaine scientifique capable de s’attaquer à de tels défis. Dans le présent article, nous discutons de la protéomique, en particulier de la SM, en tant que plateforme utilisée en recherche en biologie végétale au cours des dix dernières années ayant le potentiel pour faire mieux comprendre la biologie végétale à des fins bénéfiques pour les humains. Nous mettons l’emphase de le présent rapport sur l’application grandissante des techniques de protéomique à la sécurité alimentaire et à l’analyse des aliments.Toutefois, nous sommes conscients qu’aucune approche/technique seule ne sera en mesure de traiter les problèmes globaux de l’alimentation. Les renseignements/ressources générés à partir de la protéomique doivent être intégrés et corrélés à d’autres approches, renseignements et programmes classiques pour s’assurer que des ressources alimentaires suffisantes seront disponibles pour le développement humain aujourd’hui et à l’avenir.

Effects of moisture and...

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AgriStability: 2011 Pro...

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Lincomycin and spectino...

Liquid swine manure from confined animal feeding operations is generally retained in lagoon storage until it is applied as a nutrient source to crop and pasture land. Thus, the applied manure becomes a possible source of antimicrobials to aquatic ecosystems.

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Jusqu’à 75 % des antimicrobiens administrés au bétail peuvent être excrétés dans les matières fécales et l’urine. Dans les élevages confinés de porcs, le fumier liquide est généralement retenu dans des lagunes de stockage avant d’être épandu comme source de nutriments sur les terres agricoles et les pâturages. Le fumier épandu peut donc représenter également une source d’antimicrobiens pour les écosystèmes aquatiques. Dans la région des Prairies canadiennes, la lincomycine et la spectinomycine sont deux antimicrobiens fréquemment administrés aux porcs dans le but de prévenir la diarrhée post-sevrage. Pour évaluer les possibilités de contamination des milieux humides des Prairies, nous avons mesuré la concentration de ces deux antimicrobiens dans le fumier liquide d’un élevage commercial durant 5 semaines; nous avons également déterminé la persistance de ces antimicrobiens dans le cadre d’une étude de stockage simulé de fumier. Une analyse d’extraits de fumier par CPL-SM/SM a montré que les concentrations de lincomycine et de spectinomycine dans le fumier liquide accumulé à la fin de l’étude représentaient respectivement 32 et 3 % des doses administrées à la ration des porcelets sevrés. Dans le cadre d’une étude en laboratoire dans laquelle nous avons simulé une lagune de stockage à la température ambiante en utilisant du fumier liquide enrichi d’antimicrobiens, les concentrations des deux antimicrobiens ont présenté une réduction initiale rapide durant les 6 premiers jours, suivie d’une réduction beaucoup plus lente sur 5 mois. Une telle persistance indique que la lincomycine et la spectinomycine peuvent être présentes dans le fumier stocké dans les lagunes qui est épandu comme engrais sur les terres agricoles, car un grand nombre de lagunes ne sont vidées que tous les 6 mois (au début du printemps et la fin de l’automne).

Proteomic analysis of t...

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Lipid biomarker profiles are a powerful tool for assessing soil microbial community structure, but intensive laboratory work and data analysis are needed to construct profiles from phospholipid fatty acids and other common biomarkers. Pyrolysis mass spectrometry (Py-MS) is a alternative method that provides a rapid and sensitive ‘fingerprint’ of soil lipids and may be sufficient to characterize lipids from various sites.

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Les profils des biomarqueurs lipidiques constituent des outils puissants pour évaluer la structure des communautés microbiennes du sol, mais il faudra encore beaucoup de travail de laboratoire et d’analyse de données pour parvenir à établir des profils d’acides gras phospholipidiques et d’autres biomarqueurs courants. La pyro-spectrométrie de masse (Py-MS) est une méthode rapide et sensible qui permet d’obtenir une « empreinte » des lipides du sol qui pourrait suffire à caractériser les lipides de différents sites. Nos travaux visaient à évaluer la capacité de la pyro-spectrométrie de masse à temps de vol avec ionisation par bombardement d’atomes métastables (Py-MAB-TOF-MS) à fournir des résultats répétables sur les lipides du sol, comparativement à la chromatographie en phase gazeuse avec détecteur à ionisation de flamme (GC-FID). Des échantillons de sol ont été prélevés de six champs de culture de soja, de maïs et d’asperges. Les lipides extraits à l’aide d’un solvant 1:2 chloroforme:méthanol ont été analysés par Py-MAB-TOF-MS ou transestérifiés en acides gras, puis analysés par GC-FID. Les deux méthodes étaient complémentaires, mais distinctes : les empreintes lipidiques obtenues par Py-MAB-TOF-MS comprenaient des lipides extractibles d’origine microbienne, animale et végétale ainsi que des matières organiques non vivantes, tandis que les profils d’acides gras représentaient généralement des lipides d’origine bactérienne et fongique. Nous en concluons que les empreintes des lipides du sol obtenues par Py-MAB-TOF-MS présentent une plus grande variabilité que les profils obtenus par GC-FID, parce qu’ils comprennent un groupe plus étendu de lipides extractibles. Il faudra d’autres études pour déterminer, dans les spectres de Py-MAB-TOF-MS, les masses moléculaires des fragments qui pourraient identifier les lipides d’origine microbienne dans le sol.

Identification of metab...

Spikelets were collected at 72 h post inoculation. Metabolites were extracted into an aqueous solution of methanol and analyzed using a LC-hybrid-MS system. Metabolite abundances were subjected to a resistant versus susceptible pair-wise analysis, using a t test.

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La fusariose de l’épi est une maladie d’importance économique chez les céréales de la tribu des Triticées. En effet, en plus de réduire le rendement de ces plantes, elle réduit la qualité du grain en produisant des mycotoxines. Or, l’amélioration de la résistance de l’hôte est la manière la plus prometteuse de combattre cette maladie. Nous avons utilisé la technique du profilage métabolique pour identifier les métabolites associés à la résistance au Fusarium graminearum chez cinq génotypes d’orge résistants à la fusariose (‘Chevron’, ‘H5277-44’, ‘H5277-164’, ‘M92-513’ et ‘M122’), par rapport à ‘Stander’, génotype sensible à cette maladie. Nous avons évalué la gravité de la maladie en serre, afin de classer les génotypes selon leur résistance à la fusariose. Nous avons quantifié la maladie en termes de proportion d’épillets fusariés et de surface sous la courbe de progression de la maladie. Nous avons prélevé les épillets 72 heures après l’inoculation, nous en avons extrait les métabolites au moyen d’une solution aqueuse de méthanol, puis nous les avons analysés par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse. Nous avons soumis l’abondance des divers métabolites à une analyse par paires opposant chaque génotype résistant au génotype sensible, au moyen d’un test du t. Nous avons reconnu les métabolites associés à la résistance, qu’ils soient constitutifs ou induits, à leur abondance significativement plus élevée chez le génotype résistant que chez le génotype sensible. Parmi les 1430 métabolites associés à la résistance ainsi reconnus, nous avons pu en identifier 115 de manière probable. Ces métabolites appartenaient à divers groupes de composés : acides gras (acide linolénique); phénylpropanoïdes (acide p-coumarique et acide sinapique); flavonoïdes (naringénine, glycoside de kaempférol et glycoside de catéchol). Nous avons également détecté certains métabolites indicateurs de résistance, comme le désoxynivalénol (DON) et le DON-3-O-glycoside (D3G). C’est chez le génotype résistant ‘Chevron’ que la plus forte proportion (0,76) du DON total synthétisé était convertie en D3G. Nous discutons enfin du rôle des métabolites associés à la résistance et indicateurs de résistance dans les mécanismes de défense de la plante, et nous abordons l’utilisation de ces métabolites comme biomarqueurs pour le criblage des génotypes d’orge quant à leur résistance à la fusariose.

Differential metabolic ...

The spikelets were inoculated with a trichothecene-producing isolate, a trichothecene-nonproducing isolate (tri5-), or a mock solution. Spikelets were collected 72 h after inoculation and metabolites were analysed using a LC-hybrid MS system.

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Nous avons étudié la résistance de l’orge au Fusarium graminearum chez une lignée résistante et une lignée réceptive d’orge jaune et d’orge noire. Les épillets ont été ensemencés avec un isolat producteur de trichothécène, un isolat non producteur de thrichothécène (tri5-) ou une solution sans microorganisme. Nous avons prélevé les épillets 72 h après l’inoculation et en avons analysé les métabolites par CPL‑SM. L’abondance des métabolites a servi à déterminer ceux associés à la résistance constitutive (RC) et ceux associés à la résistance induite (RI). Nous avons également identifié le facteur de virulence du pathogène, le DON et son produit de détoxification végétale, le DON-3-O-glucoside (D3G), lesquels ont été désignés métabolites indicateurs de résistance (IR). Les métabolites RC, RI et IR ont été identifiés de façon putative. Chez l’orge ensemencée avec un isolat producteur de thrichothécène, la production d’acide jasmonique a été fortement induite, contrairement à ce qui a été observé quand la plante était ensemencée avec un isolat tri5-. L’isolat producteur de thichothécène a aussi entraîné une diminution du nombre et de la quantité des métabolites associés à la résistance. Les métabolites suivants n’ont été identifiés qu’en réponse à l’inoculation du mutant tri5- : acide cinnamique, alcool synapylique, coniférine, catéchine et naringine. L’abondance de l’acide p‑coumarique, de la coniféraldéhyde et de la sinapaldéhyde a augmenté de façon plus importante en réponse au mutant tri5- qu’en réponse à l’isolat producteur de trichothécène. La quantité totale de DON synthétisée et sa conversion en D3G variaient beaucoup entre les lignées résistante et réceptive de l’orge noire, ce qui n’était pas le cas chez l’orge jaune. Il est intéressant de noter que l’augmentation de la quantité totale de DON était liée à la diminution de la conversion du DON en D3G. Nous discutons ici des rôles des métabolites RC, RI et IR dans la défense des plantes et de leur utilisation éventuelle comme biomarqueurs dans le dépistage.

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Stability of Lutein in ...

The high-lutein and lutein-fortified wholegrain flours were processed into breads, cookies, and muffins to study lutein stability during baking and subsequent storage. Lutein and its isomers were separated, identified, and quantified by LC-UV/vis and LC-MS following extraction with water-saturated 1-butanol.

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La lutéine, pigment jaune que l’on trouve dans des produits alimentaires courants et qui favorise la santé oculaire et cutanée, est associée à un risque réduit de cataractes et de dégénérescence maculaire liée à l’âge. Dans la présente étude, du maïs et du blé sélectionnés à teneur élevée en lutéine ont été moulus en farine de grains entiers par deux moulins pour que la farine soit plus uniforme. Les farines de grains entiers à teneur élevée en lutéine et enrichies de lutéine ont été transformées en pains, en biscuits et en muffins pour que nous puissions étudier la stabilité de la lutéine durant la cuisson et l’entreposage subséquent. Nous avons séparé, identifié et quantifié la lutéine et ses isomères par CPL-UV/visible et par CPL-SM après extraction avec du butan-1-ol saturé en eau. La cuisson a entraîné une réduction significative de la lutéine tout trans et la formation d’isomères de lutéine cis et de zéaxanthine cis. L’entreposage subséquent à la température ambiante n’a eu que de peu d’effet sur la teneur en lutéine tout trans. Les effets de la transformation ont été plus marqués dans les produits enrichis de lutéine, et la vitesse de dégradation de la lutéine a été influencée par la concentration et la technique de cuisson de la recette. Les biscuits et les muffins enrichis ont présenté une réduction de la teneur en lutéine plus importante que le pain. Malgré la réduction significative de lutéine, les produits de boulangerie enrichis en contenaient toujours des quantités raisonnables par portion, lesquelles pourraient augmenter l’apport quotidien et la consommation d’aliments de grains entiers.

Screening and Structura...

In vitro α-glucosidase inhibition assays and ultrafiltration liquid chromatography with photodiode array detection coupled to electrospray ionization tandem mass spectrometry (ultrafiltration LC-DAD-ESI-MSn) were combined to screen α-glucosidase inhibitors from hawthorn leaf flavonoids extract (HLFE).

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Nous avons associé des essais d’inhibition de l’α glucosidase in vitro à la chromatographie liquide avec détection à barrette de photodiodes après filtration couplée à la spectrométrie de masse en tandem avec ionisation par électronébulisation pour détecter des inhibiteurs de l’α glucosidase dans des extraits de flavonoïdes de feuilles d’aubépine. Nous avons ainsi identifié quatre composés se comportant comme des inhibiteurs de l’α glucosidase dans ces extraits. Il s’agissait de la quercétine-3-O-rha-(1-4)-glc-rad et de C-glycosylflavones (vitexine-2”-O-glucoside, vitexine-2”-O-rhamnoside et vitexine). Nous avons confirmé la structure de ces composés au moyen de données de dissociation induite par collision avec irradiation non résonante soutenue (SORI-CID) haute résolution obtenues par spectrométrie de masse à transformée de Fourier (FTICR). Nous avons également observé, dans le cadre d’essais in vitro, que plusieurs autres C glycosylflavones (vitexine, isovitexine, orientine, isoorientine) et leurs aglycones (apigénine et lutéoline) présentaient aussi de fortes activités d’inhibition de l’α glucosidase. En outre, les groupements substituants sur les flavones avaient une grande influence sur l’activité d’inhibition de l’enzyme, alors que la C-glycosylation en C 6 ou C 8 du cycle A réduisait l’activité d’inhibition.

Newlands, Nathaniel, Ph...

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Lincomycin and spectino...

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Effects of local anesth...

The HRV around the time of DH did not differ between treatments; however, the root mean square of successive differences decreased from 68 to 41 ± 12.6 ms immediately following DH without pain relief, suggesting a decrease in vagal tone at this time.

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Dans l’étude présentée ici, nous avons examiné les effets d’un agent antiinflammatoire non stéroïdien (AINS) sur les réactions physiologiques survenant chez le veau immédiatement après l’écornage au fer et durant la période où l’effet de l’anesthésie locale se dissipe (2 ou 3 heures) après l’écornage. Nous avons réparti au hasard 46 veaux (âge : 33 ± 0,3 jours) entre les 6 groupes de traitement suivants : écornage au fer ou écornage feint sans atténuation de la douleur, avec anesthésie locale seulement ou avec anesthésie locale et AINS (Meloxicam par intraveineuse). Nous avons mesuré la température oculaire (par thermographie infrarouge) toutes les 5 minutes pendant les 3 heures suivant le traitement. La fréquence cardiaque et la variabilité de la fréquence cardiaque ont été enregistrées en continu; pour l’analyse de la variabilité de la fréquence cardiaque, nous avons étudié de courts segments de 512 intervalles de battements. Après l’écornage au fer sans anesthésie locale ni AINS, la fréquence cardiaque des veaux a augmenté de 35 ± 3,0 battements/min au cours des 5 premières minutes, et elle est restée au-dessus de la valeur de base pendant 3 heures. La variabilité de la fréquence cardiaque autour du moment de l’écornage au fer n’a pas différé d’un traitement à l’autre, mais la valeur efficace des différences successives a baissé, passant de 68 à 41 ± 12,6 ms immédiatement après l’écornage au fer sans atténuation de la douleur, ce qui laisse supposer une baisse du tonus vagal à ce moment. Entre 2 et 3 heures après l’écornage au fer avec anesthésie locale, nous avons observé une baisse de la température oculaire (-0,6 ± 0,1 ºC), une augmentation de la fréquence cardiaque (8 ± 3,0 battements par min) et des changements de variabilité de la fréquence cardiaque. Ces changements comprenaient notamment la baisse de la puissance à haute fréquence, l’augmentation de la puissance à basse fréquence et l’augmentation du rapport basse fréquence/haute fréquence, ce qui dénote un changement de l’équilibre sympathico-vagal. Les changements de température oculaire, de fréquence cardiaque et de variabilité de la fréquence cardiaque entre 2 et 3 heures après l’écornage au fer avec anesthésie locale indiquent que la douleur commence au moment où l’effet de l’anesthésie locale se dissipe. Nos résultats ont en outre démontré que l’anesthésie locale combinée à un AINS atténue la réaction à l’apparition de la douleur lorsque l’effet de l’anesthésie locale se dissipe.

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Fate of lincomycin in s...

This was achieved by monitoring snow melt runoff which accumulated in nineteen closed basin depressions, four ephemeral wetlands and two dugouts (small constructed reservoirs), approximately 6 months after manure injection. Following solid-phase extraction of the snowmelt runoff samples, LC-MS-MS was used to quantify lincomycin in the extracts.

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Le fumier de bétail contenant des antimicrobiens peut devenir une source de ces composés pour les eaux de surface et souterraines lorsqu’il est répandu sur des terres agricoles, comme source de nutriments pour les végétaux. Le transport dans les eaux de surface par le ruissellement d’eau de fonte d’un antimicrobien vétérinaire, la lincomycine, a été évalué à la suite de l’injection, en automne, de lisier de porc dans un champ de graminées vivaces de la Saskatchewan, au Canada. On a procédé à l’évaluation en surveillant le ruissellement de l’eau de fonte qui s’accumulait dans dix neuf bassins fermés, quatre milieux humides éphémères et deux petites mares artificielles, environ six mois après l’injection du fumier. Après l’extraction en phase solide des échantillons d’eau de fonte, on a eu recours à la CL-SM/SM pour quantifier la lincomycine présente dans les échantillons. On a détecté de la lincomycine dans tous les échantillons d’eau de fonte, et les concentrations dans les bassins fermés, les milieux humides éphémères et les mares artificielles se situaient entre 0,008 et 0,84 μg L-1. Les concentrations beaucoup plus élevées que l’on a observées dans les bassins fermés sont probablement dues au fait que le lisier avait été injecté directement dans ces bassins et que la neige, qui s’était accumulée dans les milieux humides éphémères, et l’eau, qui était restée dans les mares artificielles depuis l’année précédente, ont dilué l’eau de fonte. Pour que les concentrations de lincomycine se dissipent à 50 % (DT50) dans les deux mares artificielles et dans deux des milieux humides éphémères qui ont retenu l’eau de fonte pendant plus de quatre semaines, il a fallu de 18 à 49 jours. Cette étude montre que la pratique de gestion consistant à introduire dans les pâturages, à l’automne, le lisier provenant des élevages confinés peut mener au transport d’antimicrobiens dans l’eau de fonte jusque dans l’eau de surface.

Fate of lincomycin in s...

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LC-MS/MS quantitative a...

Show text Show cached source Open source URL	McRae, G. and Monreal, C.M. (2011). "LC-MS/MS quantitative analysis of reducing carbohydrates in soil solutions extracted from crop rhizospheres.", Analytical and Bioanalytical Chemistry, 400(7), pp. 2205-2215.
Compare text pages Compare HTM pages Open source URL Open target URL Define agr.ca as primary domain	McRae, G. et Monreal, C.M. (2011). « LC-MS/MS quantitative analysis of reducing carbohydrates in soil solutions extracted from crop rhizospheres. », Analytical and Bioanalytical Chemistry, 400(7), p. 2205-2215. doi : 10.1007/s00216-011-4940-4 Accès au texte intégral (en anglais seulement)

Comparison of barley se...

Fusarium head blight (FHB) incited primarily by Fusarium graminearum Schwabe, is a destructive disease that affects the quality and yield of barley (Hordeum vulgare L.) grain. At present, there is a limited understanding of the molecular mechanisms involved in barley resistance against infection by and the spread of F. graminearum.

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La brûlure de l’épi causée par le fusarium (BEF), dont l’agent principal est Fusarium graminearum Schwabe, est une maladie destructrice qui affecte la qualité et le rendement en grains de l’orge (Hordeum vulgare L.). À l’heure actuelle, on connaît peu les mécanismes moléculaires intervenant dans la résistance de l’orge à l’infection par F. graminearum et à sa propagation. L’objectif de la présente étude était d’identifier les protéines différemment exprimées chez les obtentions d’orge sensibles à la BEF et chez celles qui y sont résistantes. Nous avons soumis des graines mûres de six obtentions d’orge et de cinq paires de lignées filles d’orge différant par leur réaction à la BEF à une analyse du protéome par électrophorèse sur gel en deux dimensions (E2D). Le bleu de Coomassie a permis de visualiser environ 1000 taches de protéines des graines dans une fourchette de pI de 4‑7 sur les gels de E2D. Nous avons identifié les protéines par séquençage à l’aide de la chromatographie liquide et de la spectrométrie de masse en tandem (LC‑MS/MS) après digestion des protéines par la trypsine directement sur le gel, Dans notre première étude, nous avons comparé les profils E2D des protéines des graines de deux variétés sensibles à la BEF, soit ‘AC Lacombe’ et ‘Stander’, à ceux de quatre obtentions d’orge partiellement résistantes à la BEF, soit CI4196, ‘Chevron’, ‘Penco/Chevron’ et I92130. La concentration de 171 taches de protéines variait plus ou moins selon les six obtentions d’orge. Dix protéines provenant de 19 taches étaient plus ou moins concentrées selon que les génotypes d’orge étaient résistants ou sensibles à la BEF. Dans notre deuxième étude, nous avons comparé les profils E2D de protéines des graines de cinq paire de lignées filles différant par leur résistance à la BEF. La concentration de 97 taches de protéines variait chez les cinq paires de lignées filles. Dix protéines provenant de 20 taches étaient plus ou moins concentrées selon que les lignées filles étaient résistantes ou sensibles à la BEF. Au total, 11 protéines étaient associées à la maladie ou à la résistance au stress chez la plante. Les protéines davantage concentrées dans les graines des lignées d’orge résistantes étaient un inhibiteur de l’alpha amylase (BDAI‑1), l’aldéhyde déshydrogénase (BIS1), l’aconitate hydratase et l’enzyme malique dépendante du NADP. Les données obtenues au cours de la présente étude faciliteront la mise au point d’une épreuve in vitro destinée à cribler les lign

LC-MS/MS quantitative a...

Show text Show cached source Open source URL	McRae, G. and Monreal, C.M. (2011). "LC-MS/MS quantitative analysis of reducing carbohydrates in soil solutions extracted from crop rhizospheres.", Analytical and Bioanalytical Chemistry, 400(7), pp. 2205-2215.
Compare text pages Compare HTM pages Open source URL Open target URL Define agr.ca as primary domain	McRae, G. et Monreal, C.M. (2011). « LC-MS/MS quantitative analysis of reducing carbohydrates in soil solutions extracted from crop rhizospheres. », Analytical and Bioanalytical Chemistry, 400(7), p. 2205-2215. doi : 10.1007/s00216-011-4940-4 Accès au texte intégral (en anglais seulement)

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Comparison of barley se...

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Comparative Analysis of...

To achieve this requires characterization of the chemical composition of biomass and in this study we determined the lignin and structural carbohydrate content of various sources of agricultural biomass such as flax shives, wheat straw, wheat bran, triticale straw, triticale bran, barley straw, oat straw and mustard straw along with selected lignin samples that were isolated using an environmentally benign ionic liquid (1-ethyl-3-methylimidazolium acetate ([emim]Ac)). Pyrolysis-GC/MS was used to determine the thermal degradation products of the select biomass and lignin samples.

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La récupération et la valorisation des résidus de biomasse agricole soulèvent de plus en plus d’intérêt depuis quelques années, car ces résidus présentent de nouveaux débouchés commerciaux et pourraient permettre une utilisation plus durable des ressources renouvelables et non renouvelables. Les résidus de culture sont une source importante de lignocellulose, composé très prometteur comme ressource renouvelable. De plus, la structure polyphénolique de la lignine en fait une source potentielle de produits de grande valeur et notamment de produits chimiques fins. Or, pour tirer parti de ces possibilités, il faut d’abord caractériser la composition chimique de la biomasse. Dans le cadre de la présent étude, nous avons mesuré la teneur en lignine et en glucides structuraux de divers types de résidus agricoles, comme les anas de lin, la paille de blé, le son de blé, la paille de triticale, le son de triticale, la paille d’orge, la paille d’avoine et la paille de moutarde, ainsi qu’un certain nombre d’échantillons de lignine isolée au moyen d’un liquide ionique sans danger pour l’environnement, l’acétate d’1-éthyl-3-méthylimidazolium. Nous avons employé la pyrolyse-GC/MS (pyrolyse suivie d’une chromatographie en phase gazeuse et d’une spectrométrie de masse) pour identifier et quantifier les produits de la dégradation thermique des échantillons de biomasse et de lignine. Les principaux composés phénoliques générés par la pyrolyse étaient le catéchol, le guaïacol, le 4-vinyl guaïacol, l’eugénol, la vanilline et l’isoeugénol. Nous avons pu établir la teneur en lignine des échantillons de biomasse directement à partir des mesures obtenues par pyrolyse-GC/MS. Nous avons comparé les teneurs en lignine ainsi calculées aux mesures classiques de la teneur en lignine insoluble à l’acide, et les deux types de mesures présentaient une bonne corrélation à l’échelle de chaque espèce (R2 = 0,98) ainsi qu’entre espèces (R2 = 0,97). Nos résultats montrent que la pyrolyse est une technique de dépolymérisation qui permet d’obtenir des molécules phénoliques de haute valeur à partir de résidus de culture. Ils montrent également que la pyrolyse analytique peut servir à évaluer la teneur en lignine des résidus de culture provenant de plantes herbacées monocotylédones et dicotylédones.

Ciclohexadespipeptide b...

BEA present in fermented medium and corn flour was determined using liquid chromatography coupled to the mass spectrometry detector in tandem (LC–MS/MS) and the BEA degradation products produced during the fermentations were determined using the technique of the liquid chromatography coupled to a linear ion trap (LIT).

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Nous avons étudié l’effet de 9 souches de la levure Saccharomyces cerevisiae, appelées LO9, YE-2, YE5, YE-6, YE-4, A34, A17, A42 et A08, sur la beauvéricine, une mycotoxine. Les dégradations biologiques ont été réalisées en aérobiose dans un bouillon de dextrose de pomme de terre (PDB) à 25 °C pendant 48 h et dans un système d’aliments de consommation humaine et d’aliments de consommation animale composé de farine de maïs incubé à 37 °C pendant 3 jours. La beauvéricine présente dans le milieu fermenté et la farine de maïs a été dosée par chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC–MS/MS), tandis que les produits de la dégradation de la beauvéricine formés durant la fermentation ont été dosés par chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie avec piège à ions linéaire. Les résultats indiquent que les souches de S. cerevisiae étudiées ont abaissé la concentration moyenne de beauvéricine de 86,2 % dans le PDB et de 71,1 % dans le système d’aliments. Toutes les souches de S. cerevisiae que nous avons étudiées dans ces travaux ont entraîné une baisse significative de la concentration de beauvéricine durant la fermentation.

Methylation and 2D NMR ...

PLP-3 (Plantago asiatica L. polysaccharide 3) was isolated and purified from the seeds of Plantago asiatica L. Its structure characters were elucidated by monosaccharide composition analysis, partial acid hydrolysis and methylation analysis, combined with FT-IR, GC/MS, 1D and 2D NMR spectroscopy.

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Nous avons isolé du PLP-3 (polysaccharide 3 de Plantago asiatica L.) à partir de graines de Plantago asiatica L. et l’avons purifié. Nous avons déterminé ses caractéristiques structurelles par analyse de la composition en monosaccharides, hydrolyse acide partielle et analyse par méthylation, combinée avec des spectroscopies IRTF, CG/SM et RMN 1D et 2D. Nous avons trouvé que PLP-3 était de l’arabinoxylane contenant de l’acide glucuronique. Il était lié aux positions Xylp (17,87 %) ou O-3 (Xylp 1,3,4-lié, 24,24 %). Les principaux résidus terminaux étaient Araƒ T-lié (8,13 %), Xylp T-lié (15,58 %) et GlcAp T-lié (13,22 %). Nous avons trouvé également de petites quantités d’autres résidus dans PLP-3, tels que Araƒ 1,2,5-lié, Rhap 1,2-lié, Glcp T-lié et Galp T-lié. Nous proposons une possible structure moléculaire.

A further amendment to ...

Using the more recently available techniques such as methylation-GC-MS, 1D (1H, 13C) and 2D (COSY, TOCSY, HMQC and HMBC) NMR spectral analysis, we have revisited the classical structure of gum arabic (Acacia senegal).

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Nous avons réétudié la structure classique de la gomme arabique (Acacia senegal) au moyen de techniques disponibles plus récemment comme la méthylation/CG/SM, la spectroscopie de RMN 1D (1H, 13C) et 2D (COSY, TOCSY, HMQC et HMBC). L’analyse par méthylation et CG/SM a confirmé que la gomme arabique (A. senegal) est un polysaccharide hautement ramifié avec un squelette composé de résidus de galactopyranosyle liés1,3 (Galp) et substitués en position O-2, O-6 ou O-4. Les résidus de sucre terminaux constituent 59,5 % des sucres totaux. Les résidus de →2,3,6-β-d-Galp1→, →3,4-Galp1→, →3,4,6-Galp1→ et les substitutions en positions O-2 et O-4 n’avaient pas été identifiés lors des études précédentes.

Aromas from Quebec. II....

The fresh rhizomes and roots of Asarum canadense were steam-distilled to yield oils in 1.30% to 1.96%, respectively. The oils were analyzed by a combination of GC-FID and GC/MS techniques. In the case of the rhizome oil, the total amount of phenyl ethers including methyl eugenol, elemicins, and asaricin was about 58%.

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On a distillé à la vapeur des rhizomes et des racines d’Asarum canadense fraîchement cueilli pour obtenir des huiles à 1,30 % et à 1,96 %, respectivement. On a analysé ces huiles en combinant la GC-FID et la GC-MS. Dans le cas de l’huile de rhizome, la quantité totale d’éthers de diphényle, y compris le méthyleugénol, les élémicines et l’asaricine, était d’environ 58 %. Dans l’huile de racine, la (E)-isoélémicine était le produit principal (20 %) et était accompagnée de l’élémicine (4,9 %). Sur la base des indices de rétention dans les colonnes non polaire et polaire ainsi que de la spectrométrie de masse, on peut conclure que l’on a caractérisé la méthoxyélémicine ainsi que les (E)- et (Z)-méthoxyisoélémicine dans les huiles, de même que les nouveaux dérivés hydroxylés que sont l’hydroxylélémicine et les (E)- et (Z)-hydroxyisoélémicines.

Aromas from Quebec. II....

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A decade of plant prote...

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Phytochemicals to suppr...

Using the headspace GC–MS method, 16 VOC were found in greenhouse-grown wheat leaves: dimethylamine, 2-methyl-1-propanol, octanoic acid-ethyl ester, acetic acid, 2-ethyl-1-hexanol, nonanoic acid-ethyl ester, nonanol, N-ethyl-benzenamine, naphthalene, butylated hydroxytoluene, dimethoxy methane, phenol, 3-methyl-phenol, 3,4-dimethoxy-phenol, 2,4-bis (1,1-dimethyethyl)-phenol, and 1,4,7,10,13,16-hexaoxacyclooctadecane; and 10 VOC in field-grown chickpea leaves: ethanol, 1-penten-3-ol, 1-hexanol, cis-3-hexen- 1-ol, trans-2-hexen-1-ol, trans-2-hexenal, 3-methyl-1-butanol, 3-hydroxy-2-butanone, 3-methylbenzaldehyde and naphthalene.

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Les maladies dues au Fusarium entraînent des pertes économiques importantes pour les cultures en rotation basées sur le blé. Des composés organiques volatils (COV) dans le blé et des cultures en rotation, comme le pois chiche, peuvent avoir un impact négatif sur les pathogènes de type Fusarium. Nous avons détecté, grâce à une méthode d’analyse d’espace de tête par CG/SM, 16 COV dans des feuilles de blé cultivé en serre : N-méthylméthanamine, 2 méthylpropan-1-ol, octanoate d’éhyle, acide acétique, 2-éthylhexan-1-ol, nonanoate d’éthyle, nonanol, N-éthylaniline, naphtalène, hydroxytoluène butylé, diméthoxyméthane, phénol, 3 méthylphénol, 3,4-diméthoxyphénol, 2,4-di(isopropyl)phénol et 1,4,7,10,13,16 hexaoxacyclooctadécane, et 10 COV dans des feuilles de pois chiche cultivé sur le terrain : éthanol, pent-1-èn-3-ol, hexan-1-ol, cis-hex-3-èn-1-ol, trans-hex-2-èn-1-ol, trans-hex-2-ènal, 3-méthylbutan-1-ol, 3-hydroxybutan-2-one, 3-méthylbenzaldéhyde et naphtalène. Nous avons aussi trouvé du pent-1-èn-3-ol dans les racines de pois chiche et dans les nodules des racines de deux des trois cultivars testés. Le profil de production de COV du pois chiche a été corrélé (P = 0,023) à la gravité de l’ascochytose, suggérant que le pent-1-èn-3-ol et le cis-hex-3-èn-1-ol étaient induits par Ascochyta rabiei. Des épreuves biologiques réalisées dans des boîtes de Petri ont permis d’établir que les COV produits par le pois chiche utilisé en isolement étaient généralement plus puissant contre Fusarium graminearum et Fusarium avenaceum que les COV produits par le blé, sauf pour le 2-éthylhexan-1-ol, qui était rare dans le blé et toxique pour Fusarium et le blé tétraploïde. Alors qu’une exposition à du pent-1-èn-3-ol ou à du 2-méthylpropan-1-ol pourrait supprimer la croissance radiale par plus de 50 %, l’octanoate d’éthyle, le nonanol et le nonanoate d’éthyle n’avaient qu’une faible influence, la croissance de F. graminearum et de F. avenaceum était complètement inhibée par une exposition à du trans-hex-2-ènal, du trans-hex-2-èn-1-ol, du cis-hex-3-èn-1-ol ou de l’hexan-1-ol. Parmi ces COV, nous avons montré grâce à une expérience contrôlée que le trans-hex-2-ènal et l’hexan-1-ol protégeaient les semis de blé respectivement contre F. avenaceum et F. graminearum. La variation génétique de la production de 2-éthylhexan-1-ol, un COV puissant produit en faible quantité par le blé, suggère qu’il est possible de sélectionner la résistance au Fusarium du blé sur la base de la concentratio

Ciclohexadespipeptide b...

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Structural characteriza...

In this paper, polysaccharides were extracted from the seeds of Plantago asiatica L. with hot water and separated into three fractions PLP-1 (18.9%), PLP-2 (52.6%) and PLP-3 (28.5%) by Sephacryl™ S-400 HR column chomatography. The main fraction PLP-2's structure was elucidated using oxalic acid hydrolysis, partial acid hydrolysis, methylation, GC, GC–MS, 1D and 2D NMR.

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Pour la présente étude, nous avons extrait à l’eau chaude des polysaccharides de graines de Plantago asiatica L., et on les a séparés au moyen d’une colonne de chromatographie Sephacryl™ S-400 HR en trois fractions dénommées PLP-1 (18,9 %), PLP-2 (52,6 %) et PLP-3 (28,5 %). La structure de la fraction principale a été élucidée par hydrolyse à l’acide oxalique, hydrolyse acide partielle, méthylation, CG, CG/SM, RMN 1D et 2D. La fraction PLP-2 était composée de Rha, Ara, Xyl, Man, Glc et Gal, dans le rapport molaire suivant 0,05/1,00/1.90/0,05/0,06/0,10. Son acide uronique était du GlcA. La fraction PLP-2 était de l’hétéroxylane fortement ramifiée, qui consistait en un squelette de Xylp avec liaison β-1,4 et des chaînes latérales liées à O-2 ou O 3. Les chaînes latérales étaient constituées de Xylp à liaison β-T, d’Araf à liaison α-T, GlcAp à liaison α-T, de β-Xylp-(1 → 3)-α-Araf et de α-Araf-(1 → 3)-β-Xylp, etc. D’après ces résultats, on a proposé une structure pour PLP-2.

A further amendment to ...

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The Use of Artificial W...

Untreated greenhouse effluents or leak solution constitute a major environmental burden because their nitrate and phosphate concentrations may induce eutrophication. Artificial wetlands may offer a low cost alternative treatment of greenhouse effluents and consequently improve the sustainability of greenhouse growing systems.

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Les effluents de serre non traités ou les fuites de liquide constituent un important fardeau pour l’environnement, car leurs teneurs en nitrate et en phosphate peuvent provoquer l’eutrophisation. Les marais artificiels pourraient offrir une solution de rechange peu coûteuse au traitement des effluents de serre et, par conséquent, améliorer la viabilité des systèmes de production en serre. Les objectifs de la présente étude étaient les suivants : 1) caractériser l’efficacité des différents types de marais dans le but de réduire la teneur en ions des effluents issus de la production des tomates de serre, et 2) améliorer l’efficacité des marais en ajoutant du saccharose à raison de 0 à 800 mg L-1 (source de carbone). Les expériences ont été réalisées à l’Université Laval où 30 marais artificiels pilotes (0,81 m3) à écoulement horizontal souterrain ont été construits. Nous avons évalué deux types de macrophytes aquatiques, Pragmites australis et Typha latifolia, et un groupe témoin sans plantes. Le temps de rétention hydraulique était de 10 jours. Durant l’étude, la CE de l’effluent de serre se situait entre 1,5 et 5,5 mS cm-1, tandis que de 0 à 800 mg de saccharose par litre ont été ajoutés pour accroître l’activité biologique du marais. Les macroéléments et les oligoéléments, les gaz à effet de serre (CH4, CO2, N2O) et les populations bactériennes ont été mesurés pour chaque unité. À l’échelle commerciale, deux marais à écoulement vertical souterrain (43,2 m3) ont été installés à Sainte‑Sophie, au Québec, sur le site de production Les Serres Nouvelles Cultures (Sagami). Nos résultats indiquent que 50 à 90 % du nitrate (NO3-) et 40 à 100 % du phosphate (PO43-) ont été retirés de l’effluent. À l’Université Laval, les marais artificiels contenant Typha latifolia ont été plus efficaces que ceux contenant Pragmites australis ou ceux ne contenant aucune plante. L’ajout de saccharose a augmenté la population microbienne du marais et, par conséquent, a réduit la teneur en minéraux des eaux usées; il a cependant accru de manière significative l’émission des gaz à effet de serre. Les résultats seront analysés en profondeur en vue de la conception d’un marais traitant efficacement les effluents de serre, mais aussi sous l’angle des répercussions environnementales.

Characterization of phy...

The antioxidant activities of the lipophilic extract as measured by the PCL and ORAC-L assays were 30.11 μmol TE/g DW and 11.97 μmol TE/g DW, respectively, while the hydrophilic extracts as determined by the ORAC-H and FRAP assays were 323.23 μmol TE/g DW and 54.95 μmol AAE/g DW, respectively. The LC-MS study showed three major anthocyanins, which were mainly acylglycosides of petunidin and malvidin.

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On a étudié la composition phytochimique et les activités antioxydantes d’une tomate pourpre V118 modifiée non génétiquement nouvellement développée. On a développé une méthode de CLUP hautement sensible et efficace pour les composés phénoliques et les caroténoïdes. Cette méthode a permis de montrer que, en plus des composés phytochimiques généralement connus pour les tomates, la V118 avait une composition unique en anthocyanines. La teneur totale en caroténoïdes de la V118 était de 234,78 μg/g de matière sèche (MS) et sa teneur totale en composés phénoliques était de 659,11 mg EAG/100 g MS. Les activités antioxydantes de l’extrait lipophile, mesuré au moyens d’épreuves PCL et ORAC-L, étaient respectivement de 30,11 μmol ET/g MS et de 11,97 μmol ET/g MS, alors que celles des extraits hydrophiles, déterminées au moyen d’épreuves ORAC-H et FRAP, étaient respectivement de 323,23 μmol ET/g MS et de 54,95 μmol EAA/g MS. L’étude par CL-SM a montré la présence de trois anthocyanines principales, des acylglycosides de pétunidine et de malvidine. La présente étude a permis de montrer que les tomates pourpres comme la V118 comportent des composés phytochimiques supplémentaires comme des anthocyanines, qui peuvent être potentiellement bénéfiques pour la santé.

New studies on gum ghat...

The arabinogalactan fraction (F80) was obtained by a sequential ethanol precipitation of gum ghatti (Gatifolia SD). Methylation and GC-MS analysis indicated that F80 was a highly branched polysaccharide; the terminal sugar residues were about 40.8% of the total sugars.

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Nous avons élucidé la structure d’une arabinogalactane hydrosoluble isolée de la gomme ghatti (Gatifolia SD) par analyse par méthylation et spectroscopie RMN 2D. Nous avons obtenu la fraction d’arabinogalactane (F80) de la gomme ghatti par précipitation séquentielle à l’éthanol. Les analyses par méthylation et par CG‑SM ont indiqué que la fraction F80 contenait un polysaccharide hautement ramifié; Les sucres en position terminale constituaient environ 40,8 p. 100 des sucres totaux. Les sucres terminaux étaient en majorité α-ʟ -Araf, avec de petites quantités de T-GlcpA, de T-Arap, de T-Rhap et de T-Galp. Environ 14,2 p. 100 des sucres totaux étaient des →6)-β-D-Galp-(1→ ramifiés en position 3 et 4. La partie linéaire de l’arabinogalactane était composée de liens →4)-GlcpA(1→, →6)-Galp(1→ et →2)- ʟ-Araf-(1→. Les résultats de l’analyse par méthylation et par spectroscopie RMN 1D (1H, 13C) et 2D (COSY, TOCSY, HMQC et HMBC) indiquent que la structure de la fraction F80 est la suivante : le R est un groupement →3)-β-D-Galp-(1→, →5)-β-D-Araf-(1→, →2,3-Manp1→, T-α-ʟ-Araf 1→, T-GlcpA1→ ou T-ʟ-Arap 1→, le galactose possède la configuration -β-D et l’arabinose et le rhamnose sont sous la forme α-ʟ.

Xenobiotic Metabolism a...

Anthocyanins are bioactive phytochemicals in berries suspected to be responsible for some of these neuroprotective effects. The plausible mechanisms of anthocyanin bioactivity in brain tissue are dependent on their bioavailability to the brain.

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Plusieurs excellents articles donnent à penser que certains composés phytochimiques présents dans les baies auraient des effets salutaires : ils feraient régresser la déficience cognitive associée à l’âge et protégeraient contre les maladies neurodégénératives. On pense que les anthocyanines, des composés phytochimiques bioactifs que l’on trouve dans des baies, seraient responsables de certains de ces effets neuroprotecteurs. Vraisemblablement, les mécanismes intervenant dans la bioactivité des anthocyanines dans le tissu cérébral dépendent de la biodisponibilité de ces substances dans le cerveau. Pendant 8 semaines, nous avons donné à des porcs une ration contenant 2 % de bleuets entiers lyophilisés, en poudre. Nous avons dosé, par CPL-SM/SM, les anthocyanines et les glucuronides des anthocyanines dans le cortex, le cervelet, le mésencéphale et le diencéphale. Dix-huit heures après le repas, nous avons trouvé des anthocyanines et leurs glucuronides à des concentrations de l’ordre de la femtomole par gramme de tissu frais, après le retrait des anthocyanines du sang par métabolisme des xénobiotiques. Nous traitons brièvement du métabolisme des xénobiotiques, de l’interaction des anthocyanines, des transporteurs d’anthocyanines et des barrières à la biodisponibilité dans le cerveau. Il semble plausible que le mécanisme de l’action neuroprotectrice des anthocyanines soit lié à la modulation des processus de transduction du signal et/ou à l’expression de gènes dans le tissu cérébral plutôt qu’à la désactivation directe des radicaux par les antioxydants.

The Canadian Snack Food...

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Xenobiotic Metabolism a...

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Evaluation of antioxida...

However, the phytochemical composition of R. hirta is not known. In this study, we used Four highly accepted assays and confirmed its FRAP, ORAC, β-CLAMS and PCL values to be 79.95 μmol AAE/g DW, 1544 μmol TE/g DW, RAA 129% and 4513 μmol TE/g DW, respectively.

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Le sumac vinaigrier (Rhus hirta L.) est un arbre indigène de l’est du Canada dont les fruits étaient employés par les peuples autochtones contre diverses maladies. On a récemment découvert que ces fruits constituent une bonne source d’antioxydants, mais leur composition phytochimique exacte demeure inconnue. Nous avons soumis les fruits du R. hirta à quatre épreuves largement reconnues et avons ainsi établi que leur activité oxydante correspond à 79,95 μmol éq. acide ascorbique / g PS (poids sec) selon l’épreuve FRAP, à 1544 μmol éq. Trolox / g PS selon l’épreuve ORAC, à 4513 μmol éq. Trolox / g PS selon l’épreuve PCL et à une activité antioxydante relative de 129 % selon l’épreuve β‑CLAMS. Comme ces mesures présentaient une corrélation positive avec la teneur en polyphénols totaux, qui était plus élevée dans le cas de l’extrait à l’éthanol (81,6 mg éq. acide gallique / g PS) que dans celui de l’extrait à l’eau (46,3 mg éq. acide gallique / g PS), il semble que les polyphénols jouent un rôle important dans l’activité antioxydante. Les données quantitatives obtenues par UHPLC et les études qualitatives menées par HPLC-DAD-MS ont révélé que les fruits du R. hirta renferment des acides phénoliques, des flavonoïdes et des anthocyanes communément présents dans les fruits et renferment en outre un nouveau groupe d’anthocyanes particulières comportant des aglycones (anthocyanidines) à 449, 419 et 433 Da. Des études plus approfondies sont en cours sur l’identité de ces composés et sur leurs effets bénéfiques pour la santé.

The Canadian Tea Indust...

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Kentville's Century of ...

Show text Show cached source Open source URL	"The LC/MS is allowing us to look at the proteins in a way that we could not before," says Song. "We are going to be able to discover the factors in the biological process that regulate flavour."
Compare text pages Compare HTM pages Open source URL Open target URL Define agr.ca as primary domain	« Notre objectif à long terme est d'améliorer le goût des fruits et légumes frais et d'augmenter leur consommation pour que les gens profitent pleinement de leurs avantages nutritionnels. »

Influence of UV-C on Co...