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Les techniques basées sur les acides nucléiques, telles que la réaction en chaîne de la polymérase (PCR), sont d'une précision et d'une sensibilité remarquables. La sensibilité peut être en outre améliorée par l'utilisation de techniques adaptées, comme la PCR semi-nichée, la PCR nichée ou la PCR en temps réel. Les techniques faisant appel aux acides nucléiques, telles que la PCR multiplex ou l'analyse de puces à ADN, rendent possible la détection simultanée de plusieurs cibles. La PCR en temps réel permet de réaliser des analyses quantitatives très précises. Une fois que la séquence des nucléotides de la cible est connue, ces techniques sont relativement faciles à mettre au point et à mettre en ouvre comparativement aux techniques de sérologie. Les allergènes alimentaires sont généralement des protéines et peuvent donc être directement détectés en utilisant des techniques de sérologie. Cela dit, les techniques de sérologie sont relativement difficiles à mettre au point : elles sont caractérisées par une sensibilité restreinte, et des réactions non spécifiques peuvent se produire. En outre, à des fins de production d'anticorps, l'allergène spécifique peut s'avérer difficile à identifier et à purifier. La nouvelle technique basée sur les acides nucléiques, la technique LAMP (Loop Mediated Isothermal Amplification) est très sensible et ne requiert aucun matériel de thermocyclage coûteux. Les outils de diagnostic basés sur les acides nucléiques comportent de nombreux avantages et peuvent être d'une valeur inestimable pour surveiller la présence d'allergènes alimentaires potentiels.
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