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La contaminación biológica derivada de la falta de infraestructuras adecuadas de saneamiento y de instalaciones deficientes para el tratamiento de aguas residuales constituye un grave problema en algunas poblaciones urbanas y rurales de la cuenca. Como consecuencia, la aparición de enfermedades transmitidas por el agua, como la diarrea, el cólera, el paludismo y el dengue, es muy frecuente en algunas regiones. Otras enfermedades menos comunes son la leptospirosis, la leishmaniasis y la fiebre amarilla. La diarrea es con diferencia la enfermedad más común transmitida por el agua y afecta sobre todo a niños. En 2003, sólo en Argentina, más de 900.000 personas padecieron diarrea.
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