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Например, първият и вторият бактериални изолати се различавали помежду си по шест нуклеотидни замествания (промени в „буквите”) в два от гените. Дори само тези шест мутации осигурявали ясно предимство: те повишавали бактериалната устойчивост спрямо ванкомицин четирикратно.
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En bref, étudier les bases moléculaires de l’évolution par adaptation dans des populations sauvages n’est pas aisé. Parmi les défis à relever, citons la définition des pressions sélectives, l’identification des séquences d’ADN se cachant derrière les caractères hérités associés, la mesure de l’adaptation à la fonction, la découverte des explications mécanistes sur la manière dont les changements de séquence modifient les caractères hérités par l’adaptation. Cependant, ces études sont aujourd’hui devenues réalisables grâce à l’utilisation d’organismes modèles et à de récents développements technologiques, ce qui augmente notre compréhension de la manière dont des changements spécifiques au niveau génétique permettent à des organismes de s’adapter à leur environnement.
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Durch Teilsequenzierung von Isolaten aus der mittleren Erkrankungsphase konnte die Reihenfolge, in der diese Basenveränderungen aufgetreten sein mussten, geklärt werden. Die in vitro Testung der Empfindlichkeit der verschiedenen Isolate gegenüber Vancomycin erlaubte es, die einzelnen Basensubstitutionen (Austausch einzelner Basen der DNA) und ihre Auswirkung auf die Resistenz des Erregers gegenüber dem Medikament zu korrelieren. So fand man zwischen dem ersten und dem zweiten Isolat sechs Unterschiede in der Nukleotidsubstitutionen. Diese sechs Mutationen waren eindeutig vorteilhaft: sie verstärken die Vancomycinresistenz des Bakteriums um den Faktor 4, und erhöhten dadurch die Überlebenswahrscheinlichkeit und Vermehrungsrate von Bakterien mit dieser Mutation. Der Anteil an mutierten Bakterien an der Gesamtpopulation hatte sich dadurch erhöht. Sechsundzwanzig weitere Mutationen während der nachfolgenden Behandlungswochen verdoppelten die Resistenz, sodass ein Vancomydin-resistenter Stamm von
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Parcijalnim sekvenciranjem izolata uzetih kroz tijek liječenja, znanstvenici su tada otkrili redoslijed kojim su se te promjene morale dogoditi. Testiranjem otpornosti bakterije na vankomicin in vitro iz različitih izolata, mogli su povezati pojedine genske promjene s učinkom na rast bakterije i odgovorom pacijenta na terapiju. Na primjer, prvi i drugi izolat bakterije razlikovali su se u šest nukleotidnih supstitucija (promjena u 'slovima') u dva gena. Tih šest mutacija su same po sebi jasno omogućavale prednost: povećale su otpornost bakterije na vankomincin 4 puta, omogućavajući tim bakterijima koje ih nose opstanak i bolje razmnožavanje, a time i to da su postajale sve uobičajenije u tijelu pacijenta. Dvadeset i šest idućih mutacija kroz naredne tjedne terapije udvostručile su otpornost, uspješno stvarajući soj bakterije
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