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Nous avons obtenu un ensemble de 146 611 étiquettes de séquence exprimée (EST) à partir de 10 bibliothèques d’ADNc du lin. Une fois l’assemblage terminé, nous avons pu exploiter 11 166 contigs et 11 896 singletons pour y dépister les marqueurs SSR (simple sequence repeat) présumés. Nous avons ainsi obtenu 806 (3,5 %) séquences non redondantes renfermant en tout 851 marqueurs SSR présumés, soit un marqueur EST-SSR par 16,5 kb de séquence. Les motifs constitués de trinucléotides étaient les plus abondants (76,9 %), suivis de ceux formés de dinucléotides (13,9 %). Les motifs constitués de tétranucléotides, de pentanucléotides et d’hexanucléotides réunissaient moins de 10 % des marqueurs SSR. Nous avons en tout identifié 83 motifs SSR. Le motif (TTC/GAA)n était le plus abondant (10,2 %), suivi des (CTT/AAG)n (8,7 %), (TCT/AGA)n (8,6 %), (CT/AG)n (6,7 %) et (TC/GA)n (5,3 %). Nous avons également conçu 662 paires d’amorces, dont 610 ont produit des amplicons chez un ensemble de 23 spécimens de lin. Nous avons observé un polymorphisme entre spécimens dans le cas de 248 paires d’amorces, qui ont permis de détecter 275 locus EST-SSR. Chaque marqueur nous a permis de détecter 2 à 7 allèles. L’indice PIC (polymorphism information content) de ces marqueurs était de 0,08 à 0,82 et avait une valeur moyenne de 0,35. Les 635 allèles détectés au moyen des 275 marqueurs polymorphes EST-SSR nous ont ensuite permis d’étudier les relations génétiques existant entre les 23 spécimens et de les répartir en 4 groupes principaux et 2 singletons. Ces groupes se divisaient en sous-groupes qui présentaient une corrélation avec les relations généalogiques existant entre spécimens. Les marqueurs EST-SSR que nous avons obtenus constituent le premier grand ensemble de marqueurs SSR à être réuni pour le lin. Ils pourraient notamment servir à l’établissement de cartes génétiques et physiques, à la cartographie des locus quantitatifs, aux études de diversité génétique, à la cartographie des associations ainsi qu’à la prise d’empreintes génétiques des cultivars.
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